История Петропавловского храма удивительным образом связана с эпидемией холеры, которая бушевала в Коломне и других городах Московской губернии в 1770 году. По указу императрицы Екатерины II с 1771 года было запрещено хоронить умерших возле приходских церквей в черте города, и захоронения перенесли за городскую черту. В 1775 году у Рязанской заставы открылось Петропавловское кладбище. Благодаря усилиям коломенских купцов, в 1779 году здесь построили каменную церковь в честь Святых апостолов Петра и Павла. Здание было выполнено в стиле барокко, с двусветным четвериком на белокаменном цоколе, украшенным рустом, пилястрами и нарядными наличниками. Над карнизом возвышался купол с круглыми окнами и световым барабаном, увенчанным единственной главкой. В 1833 году к храму пристроили небольшую теплую трапезную с приделом во имя Святого апостола Андрея Первозванного. С середины XVIII века рядом с храмом находилась каменная богадельня для ветеранов. Церкви также принадлежал двухэтажный каменный дом, стоявший на кладбище, где вверху размещался церковный сторож, а внизу, могильщики. В 1818 году купец Фирс Иванович Бочарников предоставил церкви лавку, доходы от которой шли на содержание священнослужителей. Собственного причта у церкви не было, службы проводили коломенские священники по очереди. В 1880-е годы при храме существовало братство во имя святителя Николая, которое под руководством священника Иоанна Фоминцева помогало нуждающимся ученикам Коломенского Духовного училища. Колокольня церкви была построена на средства купца И. И. Шкарина в 1890 году, а в 1891 году на нее водрузили новый колокол весом в 701 пуд, отлитый на средства В. С. Миляева, Шкариной, Макеевой и других прихожан. В начале XX века, несмотря на трудности, храм продолжал действовать. В 1908 году была построена ограда кладбища с тремя каменными часовнями, надвратной колокольней и боковыми воротами. Трапезная храма была украшена узорной кирпичной резьбой и ложными колоннами с кокошниками. На фасадах были декоративные главки, а лучшая акустика в городе, как говорили знатоки, находилась именно в этом храме. В 1930-е годы звонницу и купола снесли, но храм продолжал функционировать с перерывами до закрытия кладбища в 1942 году. Власти неоднократно арестовывали его священнослужителей. Один из них, священник Николай Алексеевич Лебедев, брат епископа Григория Лебедева, был арестован и казнен в 1936 году. Диакон Григорий Самарин был канонизирован в 2002 году в составе Собора новомучеников и исповедников Российских. После окончательного прекращения служб в церкви, иконы и росписи были утрачены, сохранилась лишь фигурная решетка на хорах.