L'histoire de l'église de Pierre et Paul est étonnamment liée à l'épidémie de choléra qui a ravagé Kolomna et d'autres villes de la province de Moscou en 1770. Par décret de l'impératrice Catherine II, à partir de 1771, il a été interdit d'enterrer les morts près des églises paroissiales dans la ville, et les enterrements ont été déplacés en dehors des limites de la ville. En 1775, un cimetière de Pierre et Paul a ouvert près de la porte de Riazan. Grâce aux efforts des marchands de Kolomna, une église en pierre a été construite ici en 1779 en l'honneur des saints apôtres Pierre et Paul. Le bâtiment était réalisé dans le style baroque, avec un carré à deux lumières sur un socle en pierre blanche, orné de bossages, de pilastres et de riches encadrements. Au-dessus du corniche s'élevait un dôme avec des fenêtres rondes et un tambour de lumière, surmonté d'une seule coupole. En 1833, une petite salle à manger chauffée a été ajoutée à l'église avec une chapelle au nom de l'apôtre Saint André. Depuis le milieu du XVIIIe siècle, une maison de bienfaisance en pierre pour les vétérans se trouvait à côté de l'église. L'église possédait également une maison en pierre à deux étages située sur le cimetière, où le gardien de l'église vivait à l'étage supérieur et les fossoyeurs au rez-de-chaussée. En 1818, le marchand Firs Ivanovich Bocharnikov a fourni à l'église une boutique, dont les revenus servaient à entretenir les ministres du culte. L'église n'avait pas de clergé propre, les services étaient célébrés à tour de rôle par des prêtres de Kolomna. Dans les années 1880, une fraternité au nom de saint Nicolas existait à l'église, qui, sous la direction du prêtre Ioann Fomintsev, aidait les élèves nécessiteux de l'école spirituelle de Kolomna. Le clocher de l'église a été construit avec les fonds du marchand I. I. Shkarin en 1890, et en 1891, une nouvelle cloche pesant 701 pouds, fondue grâce aux fonds de V. S. Milyaev, Shkarin, Makeeva et d'autres paroissiens, a été installée. Au début du XXe siècle, malgré les difficultés, l'église continuait à fonctionner. En 1908, une clôture du cimetière a été construite avec trois chapelles en pierre, un clocher d'entrée et des portes latérales. La salle à manger de l'église était ornée de sculptures en briques décoratives et de fausses colonnes avec des kokoshniks. Les façades étaient dotées de chapiteaux décoratifs, et la meilleure acoustique de la ville, selon les connaisseurs, se trouvait précisément dans cette église. Dans les années 1930, la cloche et les dômes ont été démolis, mais l'église a continué à fonctionner par intermittence jusqu'à la fermeture du cimetière en 1942. Les autorités ont arrêté à plusieurs reprises ses ministres du culte. L'un d'eux, le prêtre Nikolai Alexeievitch Lebedev, frère de l'évêque Grigori Lebedev, a été arrêté et exécuté en 1936. Le diacre Grigori Samarin a été canonisé en 2002 dans le cadre du Concile des nouveaux martyrs et confesseurs russes. Après l'arrêt définitif des services dans l'église, les icônes et les fresques ont été perdues, seule la grille sculptée dans le chœur est restée.