La historia del templo de Pedro y Pablo está sorprendentemente relacionada con la epidemia de cólera que azotó Kolomna y otras ciudades de la provincia de Moscú en 1770. Por orden de la emperatriz Catalina II, desde 1771 se prohibió enterrar a los fallecidos cerca de las iglesias parroquiales dentro de la ciudad, y los entierros se trasladaron fuera de los límites urbanos. En 1775 se abrió el cementerio de Pedro y Pablo cerca de la puerta de Ryazan. Gracias a los esfuerzos de los comerciantes de Kolomna, en 1779 se construyó aquí una iglesia de piedra en honor a los Santos Apóstoles Pedro y Pablo. El edificio fue realizado en estilo barroco, con un cuadrado de dos luces sobre un zócalo de piedra blanca, adornado con rusticación, pilastras y elegantes marcos. Sobre el cornisa se alzaba una cúpula con ventanas redondas y un tambor luminoso, coronado con una única cúpula. En 1833 se añadió al templo un pequeño comedor cálido con un altar en nombre del Santo Apóstol Andrés el Primero Llamado. Desde mediados del siglo XVIII, junto al templo había un asilo de piedra para veteranos. La iglesia también poseía una casa de piedra de dos pisos que se encontraba en el cementerio, donde en la parte superior residía el portero de la iglesia y en la parte inferior, los sepultureros. En 1818, el comerciante Firs Ivanovich Bocharnikov proporcionó a la iglesia una tienda, cuyos ingresos se destinaban al mantenimiento de los clérigos. La iglesia no tenía su propio clero, los servicios eran realizados por sacerdotes de Kolomna por turnos. En la década de 1880, existía en el templo una hermandad en nombre del santo Nicolás, que bajo la dirección del sacerdote Ioann Fomintsev ayudaba a los estudiantes necesitados del Seminario Espiritual de Kolomna. El campanario de la iglesia fue construido con fondos del comerciante I. I. Shkarin en 1890, y en 1891 se colocó en él una nueva campana que pesaba 701 pud, fundida con los fondos de V. S. Milyaev, Shkarin, Makeeva y otros feligreses. A principios del siglo XX, a pesar de las dificultades, el templo continuó funcionando. En 1908 se construyó una cerca para el cementerio con tres capillas de piedra, un campanario de entrada y puertas laterales. El comedor del templo estaba decorado con tallas de ladrillo ornamentales y columnas falsas con kokoshniks. En las fachadas había cúpulas decorativas, y la mejor acústica de la ciudad, como decían los expertos, se encontraba precisamente en este templo. En la década de 1930, se demolieron el campanario y las cúpulas, pero el templo continuó funcionando con interrupciones hasta el cierre del cementerio en 1942. Las autoridades arrestaron en varias ocasiones a sus clérigos. Uno de ellos, el sacerdote Nikolai Alexeyevich Lebedev, hermano del obispo Grigory Lebedev, fue arrestado y ejecutado en 1936. El diácono Grigory Samarin fue canonizado en 2002 como parte del Concilio de nuevos mártires y confesores rusos. Después de la suspensión definitiva de los servicios en la iglesia, se perdieron los íconos y las pinturas, solo se conservó la reja ornamental en los coros.