Архивные данные о церкви Николая Чудотворца в селе Мултаново немногочисленны, так как она была построена незадолго до революции. В небольшом рыбацком поселке, который возник на реке Малой Лебяжьей в низовьях Волги, не было собственного приходского храма, но существовала деревянная часовня в честь Святого Николая Чудотворца. К 1908 году в Мултаново насчитывалось около 100 дворов, в которых проживало 580 человек. Жители были русскими, выходцами из верхних губерний России, и придерживались православия. Старообрядцы также приезжали сюда, но не находили поддержки. Поселок находился в нескольких верстах от известного в Астраханской губернии мужского монастыря, Высогорской Николаевской Чуркинской пустыни. Официально он был приписан к приходу Казанской церкви села Марфино Красноярского уезда, где в начале 20 века служили два священника. В большие праздники и дни Великого поста один из них приезжал в Мултаново, чтобы причащать прихожан и служить молебны в часовне. К 1907 году старая часовня обветшала и не могла вместить всех прихожан. Жители решили построить новую, более просторную часовню, но в итоге возвели небольшую церковь, освященную в 1909 году. В «Астраханских епархиальных ведомостях» за 1909 год упоминается статья об освящении храма в Мултаново, подписанная инициалами «В.П.». Вероятно, её автором был настоятель Марфинского храма Владимир Поляков, под руководством которого и строилась церковь.

Церковь Святого Николая в Мултаново оставалась приписной к приходу Казанской церкви села Марфино. Жители хотели иметь своего священника, но из-за малочисленности населения и недостатка средств это было невозможно. Строительство церкви продолжалось и после 1909 года, завершившись пристройкой трапезной и двухъярусной колокольни с восьмигранным шатром.

18 сентября 1917 года по распоряжению архиепископа Астраханского и Енотаевского Митрофана Краснопольского в Мултаново был открыт самостоятельный приход, и священником стал выпускник Астраханской духовной семинарии о. Василий Хатунцев.

В 1922 году, в период изъятия церковных ценностей, из Мултановской церкви 22 августа была конфискована серебряная богослужебная утварь. Общая масса изъятого серебра составила 6 фунтов 77,5 зол.

Община верующих продолжала пользоваться церковью до 1940 года, когда большинство храмов уже было закрыто. В протоколе Володарского райисполкома от 18 сентября 1940 года отмечено, что община использовала церковь и имущество незаконно, так как договора на пользование не было.

Церковь в Мултаново была закрыта 25 октября 1940 года по решению исполнительного комитета Астраханского окружного Совета. 24 сентября 1941 года было решено передать здания закрытых церквей, включая церковь в Мултаново, в государственный фонд для разборки и продажи под строительный материал. Однако, вероятно из-за начавшейся войны, церковь уцелела и использовалась как хозяйственный склад. В настоящее время идет её постепенное восстановление.