Archivdaten über die Kirche des Heiligen Nikolaus im Dorf Multanowo sind spärlich, da sie kurz vor der Revolution erbaut wurde. In dem kleinen Fischerdorf, das am Fluss Malaja Lebjazhja in den Niederungen der Wolga entstand, gab es keinen eigenen Pfarrtempel, aber eine hölzerne Kapelle zu Ehren des Heiligen Nikolaus. Bis 1908 gab es in Multanowo etwa 100 Höhlen, in denen 580 Menschen lebten. Die Bewohner waren Russen, Auswanderer aus den oberen Provinzen Russlands, und hielten sich an die Orthodoxie. Alte Gläubige kamen ebenfalls hierher, fanden jedoch keine Unterstützung. Das Dorf lag einige Werst von dem bekannten männlichen Kloster in der Region Astrachan, dem Wysogorski Nikolaevski Tschurkinski Pustyn. Offiziell war es der Pfarrei der Kasankirche im Dorf Marfino im Landkreis Krasnojarsk zugeordnet, wo zu Beginn des 20. Jahrhunderts zwei Priester dienten. An großen Feiertagen und während der Großen Fastenzeit kam einer von ihnen nach Multanowo, um die Gläubigen zu kommunizieren und Gebete in der Kapelle zu halten. Bis 1907 war die alte Kapelle baufällig und konnte nicht alle Gläubigen fassen. Die Bewohner beschlossen, eine neue, geräumigere Kapelle zu bauen, errichteten jedoch schließlich eine kleine Kirche, die 1909 geweiht wurde. In den "Astrachaner Eparchialnachrichten" von 1909 wird ein Artikel über die Weihe des Tempels in Multanowo erwähnt, unterzeichnet mit den Initialen "V.P.". Wahrscheinlich war der Autor der Abt der Marfino-Kirche, Wladimir Poljakow, unter dessen Leitung die Kirche erbaut wurde.

Die Kirche des Heiligen Nikolaus in Multanowo blieb der Pfarrei der Kasankirche im Dorf Marfino zugeordnet. Die Bewohner wollten einen eigenen Priester haben, aber aufgrund der geringen Bevölkerungszahl und mangelnder Mittel war dies nicht möglich. Der Bau der Kirche setzte sich auch nach 1909 fort und endete mit dem Anbau einer Speise- und einer zweigeschossigen Glockenturm mit einem achteckigen Dach.

Am 18. September 1917 wurde auf Anordnung des Erzbischofs von Astrachan und Jenotajewski, Mitrophan Krasnopolski, in Multanowo eine selbstständige Pfarrei eröffnet, und der Priester wurde der Absolvent der Astrachaner Geistlichen Akademie, P. Wasilij Chatuntsev.

Im Jahr 1922, während der Beschlagnahme von Kirchenwerten, wurde am 22. August aus der Kirche von Multanowo silbernes liturgisches Gerät beschlagnahmt. Das Gesamtgewicht des beschlagnahmten Silbers betrug 6 Pfund 77,5 Zolotnik.

Die Gemeinde der Gläubigen nutzte die Kirche bis 1940, als die meisten Tempel bereits geschlossen waren. Im Protokoll des Wolodarsker Rajonexekutivkomitees vom 18. September 1940 wird vermerkt, dass die Gemeinde die Kirche und das Eigentum illegal nutzte, da es keinen Nutzungsvertrag gab.

Die Kirche in Multanowo wurde am 25. Oktober 1940 auf Beschluss des Exekutivkomitees des Astrachaner Bezirksrates geschlossen. Am 24. September 1941 wurde beschlossen, die Gebäude der geschlossenen Kirchen, einschließlich der Kirche in Multanowo, in den staatlichen Fonds zur Abbruch und zum Verkauf als Baumaterial zu übergeben. Aufgrund des beginnenden Krieges überlebte die Kirche jedoch und wurde als Lager genutzt. Derzeit erfolgt ihre schrittweise Wiederherstellung.