Los datos archivísticos sobre la iglesia de San Nicolás en el pueblo de Multánovo son escasos, ya que fue construida poco antes de la revolución. En un pequeño asentamiento de pescadores, que surgió a orillas del río Malaya Lebyazhya en la desembocadura del Volga, no había una iglesia parroquial propia, pero existía una capilla de madera en honor a San Nicolás. Para 1908, Multánovo contaba con alrededor de 100 hogares, donde vivían 580 personas. Los habitantes eran rusos, provenientes de las provincias superiores de Rusia, y eran ortodoxos. Los viejos creyentes también venían aquí, pero no encontraban apoyo. El asentamiento se encontraba a unas pocas verstas del famoso monasterio masculino de la provincia de Astracán, el desierto de Vysogorskaya Nikolayevskaya Churkinskaya. Oficialmente, estaba adscrito a la parroquia de la iglesia de Kazán en el pueblo de Marfino, donde a principios del siglo XX servían dos sacerdotes. En grandes festividades y días de Cuaresma, uno de ellos venía a Multánovo para administrar la comunión a los feligreses y oficiar servicios en la capilla. Para 1907, la vieja capilla se había deteriorado y no podía albergar a todos los feligreses. Los habitantes decidieron construir una nueva capilla más espaciosa, pero al final levantaron una pequeña iglesia, consagrada en 1909. En los 'Boletines Diocesanos de Astracán' de 1909 se menciona un artículo sobre la consagración del templo en Multánovo, firmado con las iniciales 'V.P.'. Probablemente, su autor fue el rector de la iglesia de Marfino, Vladimir Polyakov, bajo cuya dirección se construyó la iglesia.

La iglesia de San Nicolás en Multánovo seguía siendo parte de la parroquia de la iglesia de Kazán en el pueblo de Marfino. Los habitantes querían tener su propio sacerdote, pero debido a la escasez de población y la falta de fondos, esto era imposible. La construcción de la iglesia continuó incluso después de 1909, finalizando con la adición de un comedor y un campanario de dos niveles con una cúpula octogonal.

El 18 de septiembre de 1917, por orden del arzobispo de Astracán y Yenotayevsky, Mitrofan Krasnopolsky, se abrió una parroquia independiente en Multánovo, y el sacerdote fue el graduado del seminario teológico de Astracán, el padre Vasily Khatuntsev.

En 1922, durante el período de confiscación de bienes eclesiásticos, el 22 de agosto se confiscó en la iglesia de Multánovo el utensilio de plata para el servicio religioso. La masa total de la plata confiscada fue de 6 libras y 77,5 onzas.

La comunidad de creyentes continuó utilizando la iglesia hasta 1940, cuando la mayoría de las iglesias ya habían sido cerradas. En el protocolo del comité ejecutivo del distrito de Volodarsky del 18 de septiembre de 1940 se señala que la comunidad utilizaba la iglesia y los bienes de manera ilegal, ya que no había un contrato de uso.

La iglesia en Multánovo fue cerrada el 25 de octubre de 1940 por decisión del comité ejecutivo del Consejo del distrito de Astracán. El 24 de septiembre de 1941 se decidió transferir los edificios de las iglesias cerradas, incluida la iglesia de Multánovo, al fondo estatal para su desmantelamiento y venta como material de construcción. Sin embargo, probablemente debido a la guerra que comenzó, la iglesia sobrevivió y se utilizó como almacén. Actualmente, se está llevando a cabo su restauración gradual.