Церковь Николы Гостинного является одной из старейших в Коломенском кремле. Она была возведена в 1514 году по указу Великого Князя Василия Иоанновича епископом Митрофаном. Название церкви связано с её ролью как покровительницы коломенских купцов. Современный облик храм приобрел после реконструкции 1848 года.

В 1655 году Антиохийский Патриарх Макарий III остановился в Коломне и из-за эпидемии провел здесь полгода, фактически исполняя обязанности местного архиерея. Храм Николы Гостинного упоминается в описании Коломны архидиаконом Павлом Алеппским, секретарем Антиохийского посольства.

По данным 1843 года, церковь представляла собой каменное здание с колокольней, на которой было шесть колоколов, и приделом в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость». К самому древнему периоду относится небольшой четверик с крестчатым сводом и граненой апсидой.

Во время перестройки 1848 года, помимо главного алтаря в честь святителя Николая, были добавлены два придела, посвященные иконам Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и «Знамение». В церкви сохранилось напрестольное Евангелие 1509 года, созданное по заказу священника Петра Никольского.

В главном приделе находилась икона Николы Заразского. В трапезной части размещались иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и «Донская», причем доска последней была старой, что могло скрывать более древнее изображение. Кроме этих святынь, в церкви сохранился Синодик XIX века и резное изображение Страждущего Спасителя высотой в полтора аршина.

Согласно приказу от 11 ноября 1929 года, храм был закрыт. Последним священником был отец Василий Радугин. В начале 1930-х годов в здании размещался пересыльный пункт, а до августа 2002 года здесь находилась спортивная школа.

Первая Божественная литургия состоялась 28 августа 2002 года в день Успения Пресвятой Богородицы.