Die Nikolaus-Gostinny-Kirche ist eine der ältesten im Kolomensker Kreml. Sie wurde 1514 auf Anordnung des Großfürsten Wassili Iwanowitsch von Bischof Mitrophan errichtet. Der Name der Kirche steht im Zusammenhang mit ihrer Rolle als Schutzpatronin der kolomensker Kaufleute. Das moderne Erscheinungsbild des Tempels erhielt sie nach der Rekonstruktion im Jahr 1848.

Im Jahr 1655 hielt der antiochenische Patriarch Makarios III. in Kolomna an und verbrachte aufgrund einer Epidemie hier ein halbes Jahr, wobei er faktisch die Pflichten des örtlichen Bischofs erfüllte. Die Nikolaus-Gostinny-Kirche wird in der Beschreibung Kolomnas von dem Archidiakon Paul von Aleppo erwähnt, dem Sekretär der antiochenischen Botschaft.

Laut Daten von 1843 war die Kirche ein steinernes Gebäude mit einem Glockenturm, auf dem sich sechs Glocken befanden, und einem Seitenaltar zu Ehren des Ikone der Gottesmutter „Freude aller Trauernden“. Zum ältesten Teil gehört ein kleiner quadratischer Raum mit einem Kreuzgewölbe und einer polygonalen Apsis.

Während der Umgestaltung im Jahr 1848 wurden neben dem Hauptaltar zu Ehren des heiligen Nikolaus zwei Seitenaltäre hinzugefügt, die den Ikonen der Gottesmutter „Freude aller Trauernden“ und „Znamenie“ gewidmet sind. In der Kirche ist das Altarevangelium von 1509 erhalten geblieben, das auf Bestellung des Priesters Peter Nikolsky geschaffen wurde.

Im Hauptaltar befand sich das Ikone des heiligen Nikolaus von Zarazsk. In der Speisehalle waren die Ikonen der Gottesmutter „Freude aller Trauernden“ und „Donskaja“ untergebracht, wobei die Tafel letzterer alt war, was ein älteres Bild verbergen könnte. Neben diesen Reliquien ist in der Kirche ein Synodikon aus dem 19. Jahrhundert und eine geschnitzte Darstellung des leidenden Erlösers von anderthalb Arschin Höhe erhalten geblieben.

Laut einem Befehl vom 11. November 1929 wurde der Tempel geschlossen. Der letzte Priester war Vater Wassili Radugin. In den frühen 1930er Jahren befand sich im Gebäude ein Durchgangspunkt, und bis August 2002 war hier eine Sportschule untergebracht.

Die erste Göttliche Liturgie fand am 28. August 2002 am Tag der Himmelfahrt der Heiligen Gottesmutter statt.