L'église de Nicolas le Marchand est l'une des plus anciennes du Kremlin de Kolomna. Elle a été construite en 1514 sur ordre du Grand Prince Vassili Ivanovitch par l'évêque Mitrophane. Le nom de l'église est lié à son rôle en tant que patronne des marchands de Kolomna. L'aspect moderne du temple a été acquis après la reconstruction de 1848.

En 1655, le Patriarche d'Antioche Macaire III s'est arrêté à Kolomna et, en raison d'une épidémie, y a passé six mois, exerçant en fait les fonctions d'archevêque local. L'église de Nicolas le Marchand est mentionnée dans la description de Kolomna par l'archidiacre Paul d'Alep, secrétaire de l'ambassade d'Antioche.

Selon les données de 1843, l'église était un bâtiment en pierre avec un clocher, sur lequel se trouvaient six cloches, et une chapelle en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu « Réconfort de tous les affligés ». La période la plus ancienne est représentée par un petit carré avec une voûte en croix et une abside polygonale.

Lors de la reconstruction de 1848, en plus de l'autel principal en l'honneur de saint Nicolas, deux chapelles ont été ajoutées, consacrées aux icônes de la Mère de Dieu « Réconfort de tous les affligés » et « Signe ». L'église a conservé l'Évangile de l'autel de 1509, créé à la demande du prêtre Pierre Nikolski.

Dans la chapelle principale se trouvait une icône de Nicolas de Zarazsk. Dans la partie de la réfectoire étaient placées les icônes de la Mère de Dieu « Réconfort de tous les affligés » et « Don », la planche de cette dernière étant ancienne, ce qui pouvait cacher une image plus ancienne. En plus de ces reliques, l'église a conservé un Synodique du XIXe siècle et une image sculptée du Sauveur souffrant d'une hauteur d'un arshin et demi.

Selon l'ordre du 11 novembre 1929, le temple a été fermé. Le dernier prêtre était le père Vassili Radouguine. Au début des années 1930, le bâtiment abritait un point de transit, et jusqu'en août 2002, une école de sport y était située.

La première Divine Liturgie a eu lieu le 28 août 2002, le jour de l'Assomption de la Sainte Mère de Dieu.