La iglesia de Nicolás el Mercader es una de las más antiguas del Kremlin de Kolomna. Fue construida en 1514 por orden del Gran Príncipe Vasili IV por el obispo Mitrofán. El nombre de la iglesia está relacionado con su papel como patrona de los comerciantes de Kolomna. La apariencia moderna del templo se adquirió tras la reconstrucción de 1848.

En 1655, el Patriarca Antioqueno Macario III se detuvo en Kolomna y, debido a una epidemia, pasó aquí medio año, ejerciendo de hecho las funciones de arzobispo local. La iglesia de Nicolás el Mercader se menciona en la descripción de Kolomna por el archidiácono Pablo de Alepo, secretario de la embajada de Antioquía.

Según datos de 1843, la iglesia era un edificio de piedra con un campanario que tenía seis campanas y un altar lateral en honor a la imagen de la Madre de Dios "Alegría de todos los afligidos". Al período más antiguo pertenece un pequeño cuadrado con bóveda de cruz y ábside poligonal.

Durante la reconstrucción de 1848, además del altar principal en honor al santo Nicolás, se añadieron dos altares laterales dedicados a las imágenes de la Madre de Dios "Alegría de todos los afligidos" y "Signo". En la iglesia se ha conservado el Evangelio de altar de 1509, creado por encargo del sacerdote Pedro Nikolsky.

En el altar principal se encontraba la imagen de Nicolás de Zaraz. En la parte de la mesa se colocaron las imágenes de la Madre de Dios "Alegría de todos los afligidos" y "Don", siendo la tabla de esta última antigua, lo que podría ocultar una imagen más antigua. Además de estas reliquias, en la iglesia se ha conservado un Sinódico del siglo XIX y una imagen tallada del Salvador Sufriente de una altura de un arshin y medio.

Según la orden del 11 de noviembre de 1929, el templo fue cerrado. El último sacerdote fue el padre Vasili Radugin. A principios de la década de 1930, el edificio albergó un punto de tránsito, y hasta agosto de 2002, aquí funcionó una escuela deportiva.

La primera Divina Liturgia se celebró el 28 de agosto de 2002, en el día de la Asunción de la Santísima Virgen María.