В XVIII веке рядом с крепостью Еникале была возведена церковь в честь Успения Пресвятой Богородицы с приделом Святителя Николая, относящаяся к греческой епархии. После войны церковь частично сохранилась, и в уцелевших строениях продолжались богослужения. В советские годы храм закрыли, и службы прекратились. В здании бывшей церкви разместили лечебную клинику, которая позже была закрыта и переоборудована под жилье. Со временем жильцов переселили, а здание полностью разрушили. В 2001 году на месте бывшего Свято-Успенского храма и придела Святителя Николая решили создать Свято-Николаевскую церковь в центре поселка Стройгородок на улице Ярошенко, 14а, где освятили участок и восстановили крест.

С 2002 года богослужения проводились в металлическом контейнере на освященном участке, рядом с которым находился овощной ларек. По просьбе священника Владимира Фастовича ларек передали для перестройки под церковное помещение в 2003 году. Постепенно его переоборудовали под церковь Святителя Николая, а земля была оформлена в аренду.

В 2004 году Архиерейский Синод Русской Православной Церкви за границей под руководством Митрополита Лавра решил оказывать финансовую поддержку строительству храма, и средства поступали на церковный счет. На эти деньги продолжилось строительство храма, зарегистрированного в Совете по делам религий и относящегося к Одесской Епархии. До 2007 года богослужения проходили регулярно.

С 2008 года, по благословению священника Владимира Фастовича, Свято-Николаевский приход перешел в Симферопольскую и Крымскую Епархию. 17 декабря 2008 года Митрополит Лазарь издал указ №59 о назначении протоиерея Владимира Фастовича в Свято-Николаевский храм города Керчи. 16 ноября 2008 года был выдан церковный устав, зарегистрированный в Совете по делам религий.