Im 18. Jahrhundert wurde neben der Festung Yenikale eine Kirche zu Ehren der Himmelfahrt der Heiligen Gottesmutter mit einer Kapelle des Heiligen Nikolaus erbaut, die zur griechischen Diözese gehörte. Nach dem Krieg blieb die Kirche teilweise erhalten, und in den verbliebenen Gebäuden fanden weiterhin Gottesdienste statt. In den sowjetischen Jahren wurde der Tempel geschlossen, und die Gottesdienste wurden eingestellt. Im Gebäude der ehemaligen Kirche wurde eine medizinische Klinik untergebracht, die später geschlossen und in Wohnraum umgebaut wurde. Im Laufe der Zeit wurden die Bewohner umgesiedelt, und das Gebäude wurde vollständig zerstört. Im Jahr 2001 wurde beschlossen, an der Stelle des ehemaligen Heiligen Himmelfahrts-Tempels und der Kapelle des Heiligen Nikolaus die Heilige Nikolauskirche im Zentrum des Dorfes Stroygorodok in der Straße Jaroschenko, 14a, zu errichten, wo das Grundstück geweiht und ein Kreuz wiederhergestellt wurde.

Seit 2002 fanden die Gottesdienste in einem Metallcontainer auf dem geweihten Grundstück statt, neben dem sich ein Gemüseladen befand. Auf Bitte von Priester Wladimir Fastowitsch wurde der Laden im Jahr 2003 für den Umbau zu einem Kirchenraum übergeben. Nach und nach wurde er zur Kirche des Heiligen Nikolaus umgebaut, und das Land wurde gepachtet.

Im Jahr 2004 beschloss der Erzbischöfliche Synod der Russisch-Orthodoxen Kirche im Ausland unter der Leitung von Metropolit Lawr die finanzielle Unterstützung für den Bau der Kirche zu gewähren, und die Mittel wurden auf das Kirchenskonto überwiesen. Mit diesem Geld wurde der Bau der Kirche fortgesetzt, die im Rat für Religionsangelegenheiten registriert und zur Diözese Odessa gehörte. Bis 2007 fanden die Gottesdienste regelmäßig statt.

Seit 2008, mit der Segnung von Priester Wladimir Fastowitsch, wechselte die Heilige Nikolausgemeinde zur Simferopoler und Krim-Diözese. Am 17. Dezember 2008 erließ Metropolit Lazar einen Erlass Nr. 59 über die Ernennung von Protopriester Wladimir Fastowitsch zur Heiligen Nikolauskirche in der Stadt Kerch. Am 16. November 2008 wurde die Kirchenordnung ausgestellt, die im Rat für Religionsangelegenheiten registriert wurde.