En el siglo XVIII, cerca de la fortaleza de Yenikale, se construyó una iglesia en honor a la Asunción de la Santísima Virgen María con una capilla dedicada a San Nicolás, perteneciente a la diócesis griega. Después de la guerra, la iglesia se conservó parcialmente, y en los edificios que sobrevivieron continuaron los servicios religiosos. En la época soviética, el templo fue cerrado y los servicios se detuvieron. En el edificio de la antigua iglesia se instaló una clínica, que más tarde fue cerrada y remodelada para vivienda. Con el tiempo, los inquilinos fueron reubicados y el edificio fue completamente destruido. En 2001, en el lugar del antiguo templo de la Asunción y la capilla de San Nicolás, se decidió crear la iglesia de San Nicolás en el centro del asentamiento de Stroygorodok, en la calle Yaroshenko, 14a, donde se bendijo el terreno y se restauró la cruz.

Desde 2002, los servicios religiosos se llevaron a cabo en un contenedor metálico en el terreno bendecido, junto al cual había un puesto de verduras. A petición del sacerdote Vladimir Fastovich, el puesto fue transferido para su remodelación como espacio eclesiástico en 2003. Gradualmente, se adaptó para la iglesia de San Nicolás, y la tierra fue arrendada.

En 2004, el Sínodo Arzobispal de la Iglesia Ortodoxa Rusa en el extranjero, bajo la dirección del Metropolitano Lavr, decidió brindar apoyo financiero a la construcción del templo, y los fondos se depositaron en la cuenta de la iglesia. Con este dinero, continuó la construcción del templo, registrado en el Consejo de Asuntos Religiosos y perteneciente a la Diócesis de Odesa. Hasta 2007, los servicios religiosos se llevaron a cabo regularmente.

Desde 2008, con la bendición del sacerdote Vladimir Fastovich, la parroquia de San Nicolás pasó a la Diócesis de Simferopol y Crimea. El 17 de diciembre de 2008, el Metropolitano Lazar emitió el decreto n.º 59 sobre el nombramiento del protoiereo Vladimir Fastovich en la iglesia de San Nicolás de la ciudad de Kerch. El 16 de noviembre de 2008 se emitió el estatuto eclesiástico, registrado en el Consejo de Asuntos Religiosos.