В октябре 1833 года на общем собрании было решено построить новый каменный храм на месте старого, а также переосвятить его в честь Иоанна Предтечи, поскольку на погосте находилась чудотворная икона. Однако средств, собранных по дворам, оказалось недостаточно. Поэтому в марте 1838 года нижегородскому епископу Иоанну сообщили, что крестьяне села Богомолово Балахнинского уезда выразили желание отремонтировать существующую более трехсот лет деревянную церковь: заменить ветхие бревна, обшить здание тесом, заложить каменный фундамент, устроить в трапезной теплый придел во имя святого Иоанна Предтечи и установить купол, которого ранее не было.

По правилам того времени, такие масштабные работы требовали надзора профессионального архитектора. Поэтому в Богомолово был направлен архитектор Удельной конторы Анисимов из Нижнего Новгорода. Он сообщил, что снял план церкви с фасадами в существующем виде и добавил новый купол по просьбе прихожан.

Перестройка храма заняла довольно много времени. Только в конце 1839 года в трапезной освятили приделы в честь Пророка Илии и Иоанна Предтечи. Главный престол был освящен лишь в ноябре 1841 года.

В середине XIX века в списке населенных мест Российской империи указывалось, что погост Богомолово расположен при речке Пустохе. На нем находилась одна православная церковь, четыре жилых двора, где проживали шесть мужчин и пять женщин.

Так, небольшое, но признанное духовным центром Богомолово вступило в XX век, век социальных потрясений, революций и коренных преобразований, нарушивших многовековые устои жизни российской глубинки, какой было на рубеже XIX и XX веков село Богомолово.