En octubre de 1833, en una reunión general, se decidió construir un nuevo templo de piedra en el lugar del antiguo, así como volver a consagrarlo en honor a San Juan Bautista, ya que en el cementerio se encontraba un ícono milagroso. Sin embargo, los fondos recaudados en los hogares resultaron insuficientes. Por lo tanto, en marzo de 1838, se informó al obispo de Nizhni Nóvgorod, Juan, que los campesinos del pueblo de Bogomolovo, del distrito de Balakhna, expresaron su deseo de reparar la iglesia de madera existente, que tenía más de trescientos años: reemplazar los troncos viejos, revestir el edificio con tablones, construir un cimiento de piedra, establecer en la sacristía un altar cálido en honor a San Juan Bautista y colocar una cúpula que anteriormente no existía.

Según las reglas de la época, tales trabajos a gran escala requerían la supervisión de un arquitecto profesional. Por lo tanto, se envió al arquitecto Anisimov de la Oficina de Patrimonio de Nizhni Nóvgorod a Bogomolovo. Informó que había tomado el plano de la iglesia con las fachadas en su estado actual y añadió una nueva cúpula a petición de los feligreses.

La reconstrucción del templo tomó bastante tiempo. Solo a finales de 1839 se consagraron los altares en la sacristía en honor al Profeta Elías y a San Juan Bautista. El altar principal fue consagrado solo en noviembre de 1841.

A mediados del siglo XIX, en la lista de localidades del Imperio Ruso, se indicaba que el cementerio de Bogomolovo estaba situado junto al río Pustokha. En él había una iglesia ortodoxa, cuatro hogares donde vivían seis hombres y cinco mujeres.

Así, el pequeño, pero reconocido centro espiritual de Bogomolovo, entró en el siglo XX, un siglo de convulsiones sociales, revoluciones y transformaciones radicales, que interrumpieron los siglos de costumbres de la vida en la Rusia profunda, tal como era el pueblo de Bogomolovo a finales del siglo XIX y principios del XX.