En octobre 1833, lors d'une assemblée générale, il a été décidé de construire un nouveau temple en pierre à l'emplacement de l'ancien, et de le consacrer à saint Jean-Baptiste, car une icône miraculeuse se trouvait sur le cimetière. Cependant, les fonds collectés dans les maisons se sont révélés insuffisants. C'est pourquoi, en mars 1838, l'évêque de Nizhny Novgorod, Jean, a été informé que les paysans du village de Bogomolovo, dans le district de Balakhna, avaient exprimé le souhait de rénover l'église en bois existante depuis plus de trois cents ans : remplacer les bûches usées, revêtir le bâtiment de planches, établir des fondations en pierre, aménager dans la salle à manger une chapelle chaude au nom de saint Jean-Baptiste et installer un dôme qui n'avait pas été présent auparavant.

Selon les règles de l'époque, de tels travaux d'envergure nécessitaient la supervision d'un architecte professionnel. C'est pourquoi l'architecte Anisimov du bureau des domaines a été envoyé à Bogomolovo. Il a indiqué qu'il avait pris le plan de l'église avec les façades dans leur état actuel et ajouté un nouveau dôme à la demande des paroissiens.

La reconstruction du temple a pris beaucoup de temps. Ce n'est qu'à la fin de 1839 que les chapelles en l'honneur du prophète Élie et de Jean-Baptiste ont été consacrées dans la salle à manger. L'autel principal n'a été consacré qu'en novembre 1841.

Au milieu du XIXe siècle, dans la liste des localités de l'Empire russe, il était indiqué que le cimetière de Bogomolovo était situé près de la rivière Pustokha. Il y avait une église orthodoxe, quatre maisons d'habitation où vivaient six hommes et cinq femmes.

Ainsi, le petit mais reconnu centre spirituel de Bogomolovo est entré dans le XXe siècle, un siècle de bouleversements sociaux, de révolutions et de transformations radicales, perturbant les traditions séculaires de la vie dans la profondeur russe, comme l'était le village de Bogomolovo à la charnière des XIXe et XXe siècles.