История Казанского храма начинается с упоминания придела в честь святителя Иоанна Златоуста, который впервые зафиксирован в монастырской описи 1665 года. Более ранних сведений о нем не сохранилось. В то время существовал только один престол, который сейчас является северным приделом, а в том же здании находилась трапезная.

В 1747 году благодаря вдове прапорщика Фекле Андреевне Пашковой, проживавшей в монастыре, была построена двухэтажная церковь в честь Казанской иконы Божией Матери и святого царевича Димитрия. Однако менее чем через пятьдесят лет из-за ветхости церковь разобрали, а кирпичи использовали для строительства монастырской ограды в 1788 году.

В 1789 году, по просьбе игуменьи монастыря, к храму святителя Иоанна Златоуста был добавлен придел в честь Казанской иконы Божией Матери. Через 60 лет к храму добавили южный придел, освященный во имя святого мученика Авраамия Болгарского. В 1916 году в этом приделе была установлена рака с гранитной сенью, частично сохранившаяся до наших дней, где покоились его мощи.

Таким образом, храм приобрел архитектурное строение с тремя приделами: северным в честь святителя Иоанна Златоуста, южным во имя мученика Авраамия Болгарского и центральным в честь Казанской иконы Божией Матери. В этом виде он сохранился до наших дней. После революции в здании размещался городской архив, а с возобновлением монашеской жизни храм был возвращен монастырю.