Die Geschichte der Kazaner Kirche beginnt mit der Erwähnung einer Kapelle zu Ehren des Heiligen Johannes Chrysostomus, die erstmals im Klosterverzeichnis von 1665 verzeichnet ist. Frühere Informationen darüber sind nicht erhalten geblieben. Zu dieser Zeit gab es nur einen Altar, der heute die nördliche Kapelle ist, und im selben Gebäude befand sich die Speisehalle.

Im Jahr 1747 wurde dank der Witwe des Wachtmeisters Fekla Andrejewna Pashkova, die im Kloster lebte, eine zweigeschossige Kirche zu Ehren der Kazaner Ikone der Gottesmutter und des heiligen Märtyrers Dmitri erbaut. Weniger als fünfzig Jahre später wurde die Kirche aufgrund von Baufälligkeit abgerissen, und die Ziegel wurden 1788 zum Bau der Klostermauer verwendet.

Im Jahr 1789 wurde auf Bitte der Äbtissin des Klosters an die Kirche des Heiligen Johannes Chrysostomus eine Kapelle zu Ehren der Kazaner Ikone der Gottesmutter angebaut. Nach 60 Jahren wurde der Kirche eine südliche Kapelle hinzugefügt, die im Namen des heiligen Märtyrers Abraham von Bulgarien geweiht wurde. Im Jahr 1916 wurde in dieser Kapelle eine Gruft mit einem Granitdach installiert, die bis heute teilweise erhalten ist, wo seine Reliquien ruhen.

So erhielt die Kirche eine architektonische Struktur mit drei Kapellen: der nördlichen zu Ehren des Heiligen Johannes Chrysostomus, der südlichen im Namen des Märtyrers Abraham von Bulgarien und der zentralen zu Ehren der Kazaner Ikone der Gottesmutter. In dieser Form ist sie bis heute erhalten geblieben. Nach der Revolution diente das Gebäude als Stadtarchiv, und mit der Wiederbelebung des klösterlichen Lebens wurde die Kirche an das Kloster zurückgegeben.