Теплым зимним храмом для Иоанновского собора служила церковь, посвященная святому Власию Севастийскому. Хотя точные данные о её строительстве отсутствуют, вероятно, она была возведена одновременно с холодной церковью Происхождения Креста. Первое упоминание о ней встречается в «Сотной книге» 1630 года: «Церковь святого Власия, служат зимой, образы и книги и свечи и ризы и сосуды церковные к зиме носят от Иоанна Христа ради юродивого».

В 1649 году храм Власия Севастийского сгорел. На его месте, согласно грамоте митрополита Ростовского и Ярославского от 5 сентября 1650 года, была построена новая церковь во имя Священномученика Власия с приделом в честь Кирилла Белозерского чудотворца.

В «Писцовых книгах» 1683 года дается более подробное описание церкви Власия Севастийского: «Того же прихода церковь деревянная теплая о двух верхах во имя святого священномученика Власия епископа Севастийского».

В алтаре церкви на престоле находилось Евангелие с медными Евангелистами и крест, обложенный медью. За престолом был образ Пречистой Богородицы Одигитрии. В храме царские врата были деревянные, над ними деисус на семи досках, образ Власия Севастийского с житием, украшенный серебром, и образ Благовещения Пресвятой Богородицы.

Теплый храм Богоявления Господня был небольшим, с одной главкой на глухой шейке. Крыша и главка были железными, окрашенными, крест на главке железный золоченый. С южной стороны храма была пристроена сторожка, а с западной, три каменные кладовки с узкой папертью между ними. Своды в церкви были каменные, полы плитяные, стены окрашены.

Алтарь отделен от церкви каменным простенком с двумя дверьми: царскими и пономарскими. Предалтарный иконостас был столярный с восемью колоннами, поддерживающими четыре карниза. Колонны оклеены золоченой бумагой. Сияние, резные Херувимы над карнизами, клейма, рамы и вся резьба были золочены.

Царские врата украшены резьбой с изображением виноградных лоз, на них в шести клеймах: Евангелисты и Благовещение Пресвятой Богородицы. Справа от царских врат находились образы Богоявления Господня, Священномученика Власия с чудесами, возможно, из первого каменного храма, и Святого Николая Чудотворца. Слева от царских врат были образы Благовещения Пресвятой Богородицы, Архистратига Михаила на пономарской двери и Праведного Прокопия Устюжского. Над царскими вратами в клеймах изображена Тайная Вечеря, над ней Дух Святой в виде голубя в сиянии, выше, звездное небо и резной Господь Саваоф.

У северной стены церкви в отдельном киоте находился образ Праведного Иоанна Устюжского с ризой и венцами, вышитыми серебром и золотом, венцы украшены мелким немецким жемчугом.

Трапезная отделена от церкви каменным простенком с тремя дверьми. В простенках между дверей были образы Вседержателя и Божией Матери Всех Скорбящих Радости с надписью: «Истинное изображение чудотворного образа всех скорбящих радости, имеющегося в Москве в церкви Преподобного Варлаама Хутынского, что на Ордынской улице». Над дверьми и образами на стене по штукатурке изображены Воскресение Христово, Сретение Господне и Рождество Христово.