Die warme Winterkirche für die Johanneskathedrale war die Kirche, die dem heiligen Blasius von Sebaste gewidmet war. Obwohl genaue Daten über ihren Bau fehlen, wurde sie wahrscheinlich gleichzeitig mit der kalten Kirche der Kreuzerhebung errichtet. Die erste Erwähnung findet sich im "Hundertbuch" von 1630: "Die Kirche des heiligen Blasius, sie wird im Winter genutzt, Bilder und Bücher und Kerzen und Gewänder und kirchliche Gefäße werden für den Winter von Johannes dem Narren getragen."

Im Jahr 1649 brannte die Kirche des Blasius von Sebaste nieder. An ihrer Stelle wurde gemäß dem Schreiben des Metropoliten von Rostow und Jaroslawl vom 5. September 1650 eine neue Kirche im Namen des heiligen Märtyrers Blasius mit einer Kapelle zu Ehren des Wundertäters Kyrill von Weißer See erbaut.

In den "Katasterbüchern" von 1683 gibt es eine detailliertere Beschreibung der Kirche des Blasius von Sebaste: "Die Kirche des gleichen Pfarrers, aus Holz, warm, mit zwei Türmen, im Namen des heiligen Märtyrers Blasius, Bischof von Sebaste."

Im Altar der Kirche befand sich das Evangelium mit kupfernen Evangelisten und ein mit Kupfer belegtes Kreuz. Hinter dem Altar war das Bild der Allheiligen Gottesmutter Odigitria. In der Kirche waren die königlichen Tore aus Holz, über ihnen der Deesis auf sieben Tafeln, das Bild des Blasius von Sebaste mit seinem Leben, geschmückt mit Silber, und das Bild der Verkündigung der Allheiligen Gottesmutter.

Die warme Kirche der Erscheinung des Herrn war klein, mit einer Kuppel auf einem geschlossenen Hals. Das Dach und die Kuppel waren aus bemaltem Eisen, das Kreuz auf der Kuppel war aus vergoldetem Eisen. Auf der Südseite der Kirche war ein Wachhaus angebaut, und auf der Westseite drei steinerne Abstellräume mit einem schmalen Vorraum dazwischen. Die Gewölbe in der Kirche waren aus Stein, die Böden aus Platten, die Wände waren bemalt.

Der Altar war durch einen steinernen Pfeiler mit zwei Türen getrennt: königlichen und diakonischen. Der Voraltar-Ikonostase war aus Holz mit acht Säulen, die vier Gesimse stützten. Die Säulen waren mit vergoldetem Papier beklebt. Der Glanz, die geschnitzten Cherubim über den Gesimsen, die Wappen, Rahmen und alle Schnitzereien waren vergoldet.

Die königlichen Tore waren mit Schnitzereien von Weinreben verziert, auf ihnen in sechs Wappen: die Evangelisten und die Verkündigung der Allheiligen Gottesmutter. Rechts von den königlichen Toren befanden sich die Bilder der Erscheinung des Herrn, des heiligen Märtyrers Blasius mit Wundern, möglicherweise aus der ersten steinernen Kirche, und des heiligen Nikolaus des Wundertäters. Links von den königlichen Toren waren die Bilder der Verkündigung der Allheiligen Gottesmutter, des Erzengels Michael an der diakonischen Tür und des Gerechten Prokop von Ustyug. Über den königlichen Toren ist in den Wappen das letzte Abendmahl dargestellt, darüber der Heilige Geist in Form einer Taube im Glanz, darüber der Sternenhimmel und der geschnitzte Herr Sabaoth.

An der Nordwand der Kirche befand sich in einer separaten Kapelle das Bild des Gerechten Johannes von Ustyug mit einer Gewandung und Kränzen, die mit Silber und Gold gestickt waren, die Kränze waren mit kleinen deutschen Perlen geschmückt.

Der Speisesaal war durch einen steinernen Pfeiler mit drei Türen von der Kirche getrennt. In den Pfeilern zwischen den Türen waren die Bilder des Allmächtigen und der Gottesmutter aller Trauernden Freude mit der Inschrift: "Das wahre Bild des wundertätigen Bildes aller Trauernden Freude, das in Moskau in der Kirche des heiligen Varlaam von Chutyn auf der Ordynka-Straße vorhanden ist." Über den Türen und Bildern an der Wand sind in Putz das Auferstehung Christi, die Darstellung des Herrn und die Geburt Christi dargestellt.