Богоявленская церковь представляет собой внушительное двухэтажное здание. Исторические данные свидетельствуют, что это уже пятый храм с таким именем на одном и том же месте. Первый деревянный храм был возведён иереем Феофилактом, имел придел святого Георгия Победоносца и сгорел в 1650 году. Второй деревянный храм, построенный его женой и сыновьями, сгорел в 1726 году. Третий деревянный храм без приделов был построен в 1740 году и разобран в 1770 году. Четвёртый каменный храм с тремя престолами был построен в 1776 году. Пятый храм воздвигнут при игумении Евсевии в 1811 году и освящён в 1813 году, он существует до сих пор. В это время в нём были устроены приделы: правый, во имя Боголюбской иконы Божией Матери, левый, Всех Святых, а внизу, больничная церковь в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радость». Здание имеет прямоугольную форму, три нефа и построено в стиле классицизма с небольшим куполом над трансептом.

К 1913 году монастырь был полностью благоустроен. Все здания были покрашены и выбелены, а аккуратные дорожки и цветочные клумбы радовали глаз. Внутреннее убранство храмов с резными иконостасами и многочисленными иконами, а также ценными церковными вещами было результатом трудов монахинь, которых насчитывалось 325 человек. В монастырской мастерской сестры шили церковные облачения, украшая их золотой вышивкой. Архитектурные формы зданий, ярко-синие купола с золотыми звёздами и крестами восхищали гостей города и были гордостью арзамасцев. Церковь является одним из ключевых зданий, формирующих облик Соборной площади Арзамаса.

Мирная жизнь монастыря была нарушена Октябрьским переворотом 1917 года. В 1918 году в Арзамас вошли части Красной армии, и в Свято-Николаевском монастыре разместились солдаты. Трудовую артель сестер разогнали, а монастырь закрыли в 1928 году. Часть зданий использовали для различных нужд, и храмы постепенно ветшали. Богоявленский храм передали Госбанку, позже в нём разместили магазин. В 1994 году монастырь был возвращён верующим, и вскоре на Богоявленской церкви восстановили купол. В том же году был освящён верхний зимний придел в честь Богоявления Господня.

Сегодня Богоявленский храм является основным местом для богослужений. Он тёплый и уютный, с сохранившимися старыми иконами, в нём хранятся частицы мощей великих святых, иконы блаженной Матроны Московской и святой мученицы Татианы с частицами мощей.

В нижней части Богоявленской церкви располагался больничный храм в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость, с грошиками». Это название храм сохранил и по сей день. Сейчас в этом храме находятся две святыни монастыря: иконы Божией Матери «Избавление от бед страждущих» и «Достойно есть» Рубленая. Здесь также хранится дореволюционная плащаница, вышитая серебряной нитью.