L'église de l'Épiphanie est un imposant bâtiment à deux étages. Les données historiques témoignent qu'il s'agit déjà du cinquième temple portant ce nom au même endroit. Le premier temple en bois a été érigé par le prêtre Théophylacte, avait une chapelle dédiée à saint Georges le Victorieux et a brûlé en 1650. Le deuxième temple en bois, construit par sa femme et ses fils, a brûlé en 1726. Le troisième temple en bois sans chapelles a été construit en 1740 et a été démoli en 1770. Le quatrième temple en pierre avec trois autels a été construit en 1776. Le cinquième temple a été érigé sous l'abbesse Eusebie en 1811 et consacré en 1813, il existe encore aujourd'hui. À cette époque, des chapelles ont été aménagées : la droite, au nom de l'icône de la Mère de Dieu de Bogolioubovo, la gauche, de tous les saints, et en bas, l'église hospitalière en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu « Réconfort de tous les affligés ». Le bâtiment a une forme rectangulaire, trois nefs et est construit dans le style classique avec un petit dôme au-dessus du transept.

En 1913, le monastère était entièrement aménagé. Tous les bâtiments étaient peints et blanchis, et les allées soignées et les parterres de fleurs réjouissaient les yeux. L'intérieur des églises avec des iconostases sculptés et de nombreuses icônes, ainsi que des objets d'église précieux, était le résultat du travail des moniales, qui étaient au nombre de 325. Dans l'atelier du monastère, les sœurs cousaient des vêtements liturgiques, les décorant de broderies dorées. Les formes architecturales des bâtiments, les dômes bleu vif avec des étoiles dorées et des croix émerveillaient les visiteurs de la ville et étaient la fierté des Arzamassiens. L'église est l'un des bâtiments clés qui forment l'apparence de la Place du Concile d'Arzamas.

La vie paisible du monastère a été perturbée par la Révolution d'Octobre de 1917. En 1918, des troupes de l'Armée rouge sont entrées à Arzamas, et des soldats se sont installés dans le monastère Sainte-Nicolas. L'atelier de travail des sœurs a été dispersé, et le monastère a été fermé en 1928. Une partie des bâtiments a été utilisée à diverses fins, et les églises se sont progressivement détériorées. Le temple de l'Épiphanie a été transféré à la Banque d'État, et plus tard, un magasin y a été installé. En 1994, le monastère a été restitué aux croyants, et peu après, le dôme de l'église de l'Épiphanie a été restauré. La même année, la chapelle d'hiver supérieure a été consacrée en l'honneur de l'Épiphanie du Seigneur.

Aujourd'hui, le temple de l'Épiphanie est le principal lieu de culte. Il est chaud et accueillant, avec des icônes anciennes préservées, et il abrite des parties des reliques de grands saints, ainsi que les icônes de la bienheureuse Matrona de Moscou et de la sainte martyre Tatiana avec des parties de leurs reliques.

Dans la partie inférieure de l'église de l'Épiphanie se trouvait le temple hospitalier en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu « Réconfort de tous les affligés, avec des pièces de monnaie ». Ce nom a été conservé jusqu'à aujourd'hui. Actuellement, ce temple abrite deux reliques du monastère : les icônes de la Mère de Dieu « Délivrance des souffrances » et « Digne est » en bois. Une châsse pré-révolutionnaire, brodée de fil d'argent, y est également conservée.