La iglesia de la Epifanía es un impresionante edificio de dos pisos. Los datos históricos indican que este es ya el quinto templo con ese nombre en el mismo lugar. El primer templo de madera fue construido por el sacerdote Teofilacto, tenía una capilla en honor a San Jorge el Victorioso y se quemó en 1650. El segundo templo de madera, construido por su esposa e hijos, se quemó en 1726. El tercer templo de madera, sin capillas, fue construido en 1740 y desmantelado en 1770. El cuarto templo de piedra con tres altares fue construido en 1776. El quinto templo fue erigido bajo la abadía de Eusebia en 1811 y consagrado en 1813, y existe hasta hoy. En ese momento se organizaron capillas: la derecha, en nombre de la icono de la Madre de Dios de Bogoliubsk, la izquierda, de Todos los Santos, y abajo, la iglesia hospitalaria en honor a la icono de la Madre de Dios "Alegría de Todos los Afligidos". El edificio tiene forma rectangular, tres naves y fue construido en estilo neoclásico con una pequeña cúpula sobre el transepto.

Para 1913, el monasterio estaba completamente acondicionado. Todos los edificios estaban pintados y blanqueados, y los caminos ordenados y los parterres de flores alegraban la vista. La decoración interior de los templos con iconostasios tallados y numerosos íconos, así como valiosas piezas de la iglesia, fue el resultado del trabajo de las monjas, que sumaban 325 personas. En el taller del monasterio, las hermanas cosían vestimentas eclesiásticas, adornándolas con bordados dorados. Las formas arquitectónicas de los edificios, las cúpulas azul brillante con estrellas doradas y cruces maravillaban a los visitantes de la ciudad y eran el orgullo de los arzamásicos. La iglesia es uno de los edificios clave que forman la imagen de la Plaza del Sagrado en Arzamás.

La vida pacífica del monasterio fue interrumpida por la Revolución de Octubre de 1917. En 1918, las tropas del Ejército Rojo entraron en Arzamás, y los soldados se alojaron en el monasterio de Santa Nicolás. La cooperativa de trabajo de las hermanas fue disuelta, y el monasterio fue cerrado en 1928. Parte de los edificios se utilizaron para diversas necesidades, y los templos se deterioraron gradualmente. La iglesia de la Epifanía fue entregada al Banco Estatal, y más tarde se convirtió en una tienda. En 1994, el monasterio fue devuelto a los creyentes, y pronto se restauró la cúpula de la iglesia de la Epifanía. Ese mismo año se consagró la capilla superior de invierno en honor a la Epifanía del Señor.

Hoy en día, la iglesia de la Epifanía es el principal lugar de culto. Es cálida y acogedora, con íconos antiguos conservados, y alberga partes de las reliquias de grandes santos, íconos de la bienaventurada Matrona de Moscú y de la santa mártir Tatiana con partes de sus reliquias.

En la parte inferior de la iglesia de la Epifanía se encontraba la iglesia hospitalaria en honor a la icono de la Madre de Dios "Alegría de Todos los Afligidos, con monedas". Este nombre ha perdurado hasta hoy. Actualmente, en esta iglesia se encuentran dos reliquias del monasterio: los íconos de la Madre de Dios "Liberación de las penas de los afligidos" y "Digno es" de Rublenaya. Aquí también se conserva un sudario pre-revolucionario, bordado con hilo de plata.