Поселение Пугачевское было основано в 1811 году как казачий форпост по указу царя Александра I, который переселял казаков из Краснохолмской и Илекской станиц Оренбургской волости. В 1877 году на территории бывшего имения князей Долгоруковых был создан государственный Михайловский конный завод.

Строительство церкви началось в 1880 году на территории конезавода. При возведении храма использовался специальный раствор с добавлением яичного желтка. Благодаря щедрому финансированию князя Долгорукова, работы шли быстро, и уже в 1881 году строительство было завершено. Освящение церкви состоялось 30 марта 1881 года в честь святого Алексия. Храм получился очень красивым, особенно его внутренние помещения. Окна украшены узорной мозаикой, купол расписан нежно-голубой краской, по краю изображены ангелы, а в центре купола расположено большое "око". При церкви была открыта приходская школа.

К сожалению, храм прослужил недолго. В 1933 году его закрыли, и затем использовали как зернохранилище. Несмотря на то, что сегодня церковь сильно обветшала, она все равно поражает своей архитектурной красотой. Стены остаются крепкими, но дерево и штукатурка сильно пострадали. В помещении почти не сохранились фрески.