El asentamiento de Pugachov fue fundado en 1811 como un puesto de avanzada cosaco por orden del zar Alejandro I, quien trasladó a los cosacos de las stanitsas de Krasnokholmskaya e Ilek de la volost de Orenburg. En 1877, en el territorio de la antigua propiedad de los príncipes Dolgorukov, se creó la fábrica estatal de caballos Mikhailovsky.

La construcción de la iglesia comenzó en 1880 en el terreno de la fábrica de caballos. Para la edificación del templo se utilizó una mezcla especial con yema de huevo. Gracias a la generosa financiación del príncipe Dolgorukov, los trabajos avanzaron rápidamente, y ya en 1881 se completó la construcción. La consagración de la iglesia tuvo lugar el 30 de marzo de 1881 en honor a San Alexis. El templo resultó ser muy hermoso, especialmente sus interiores. Las ventanas están adornadas con mosaicos decorativos, la cúpula está pintada de un suave color azul, en el borde se representan ángeles, y en el centro de la cúpula hay un gran "ojo". Se abrió una escuela parroquial junto a la iglesia.

Desafortunadamente, el templo no sirvió por mucho tiempo. En 1933 fue cerrado y luego utilizado como almacén de granos. A pesar de que hoy la iglesia está muy deteriorada, aún impresiona por su belleza arquitectónica. Las paredes permanecen firmes, pero la madera y el yeso han sufrido mucho. En el interior casi no se han conservado frescos.