Die Siedlung Pugatschowskoye wurde 1811 als Kosakenaußenposten auf Befehl von Zar Alexander I. gegründet, der Kosaken aus den Krasnokholmskaya und Ilek-Stanitz von der Region Orenburg umgesiedelt hat. 1877 wurde auf dem Gebiet des ehemaligen Besitzes der Fürsten Dolgorukov die staatliche Michailowskaja Pferdezucht gegründet.

Der Bau der Kirche begann 1880 auf dem Gelände des Pferdezuchtbetriebs. Beim Bau des Tempels wurde ein spezieller Mörtel mit Eigelb verwendet. Dank der großzügigen Finanzierung durch Fürst Dolgorukov gingen die Arbeiten schnell voran, und bereits 1881 war der Bau abgeschlossen. Die Weihe der Kirche fand am 30. März 1881 zu Ehren des heiligen Alexius statt. Der Tempel wurde sehr schön, besonders seine Innenräume. Die Fenster sind mit kunstvollen Mosaiken geschmückt, die Kuppel ist in zartblauer Farbe bemalt, am Rand sind Engel abgebildet, und in der Mitte der Kuppel befindet sich ein großes „Auge“. An der Kirche wurde eine Gemeindeschule eröffnet.

Leider hat die Kirche nicht lange gedient. 1933 wurde sie geschlossen und dann als Getreidespeicher genutzt. Obwohl die Kirche heute stark verfallen ist, beeindruckt sie dennoch mit ihrer architektonischen Schönheit. Die Wände bleiben stabil, aber das Holz und der Putz haben stark gelitten. In den Räumen sind kaum noch Fresken erhalten.