Иоанно-Богословский мужской монастырь был основан в 1462-1463 годах святителем Ионой, епископом Пермским, в Чердынском крае, который позже стал частью Пермской губернии, неподалеку от места, где позже появился город Чердынь.

С момента основания монастырь находился под покровительством Великопермских князей, которые пожертвовали ему значительные земельные угодья. После того как Великопермские князья были свергнуты и высланы из Перми Великой, монастырь получил поддержку от Государя всея Руси Иоанна IV Грозного. Монастырю были предоставлены особые привилегии: по царской грамоте наместникам запрещалось судить монастырскую братию и притеснять монастырских крестьян. Эти привилегии были подтверждены царем Михаилом Федоровичем в 1623 году.

Первая подробная опись монастыря и его владений была составлена в 1623 году. На тот момент монастырю принадлежали 6 деревень и двор в селе Кольчуг, а также обширные рыбные ловли.

Богословский монастырь был известен далеко за пределами Перми Великой. В XVII-XVIII веках вклады в монастырь делали не только жители Чердыни, Соликамска и Усолья, но и Вятки, Великого Устюга, Верхотурья и Сольвычегодска. В 1697 году княгиня Е. Дашкова пожертвовала монастырю Казанскую икону Богородицы. В 1718 году в монастыре была построена новая каменная двухпрестольная церковь. В 1764 году Екатерина II провела церковную реформу, в результате которой многие монастыри и церкви были закрыты. Иоанно-Богословский монастырь также попал под эту реформу и в 1764 году был оставлен на собственном содержании, что привело к его упадку и закрытию в 1784 году. Монахи были переведены в другие монастыри, а вотчины отошли к Троице-Сергиевой Лавре. В 1910 году епископ Палладий Пермский и Соликамский получил просьбу от местных жителей и православного общества о восстановлении монастыря. Он поддержал это ходатайство и направил его в Святейший Синод в Санкт-Петербург. 12 ноября 1911 года владыка Палладий вручил посох новоизбранной игумении монахине Руфине, и 13 ноября она вместе с семью сестрами отправилась из Перми в Чердынь.

Игумения Руфина восемь лет трудилась над восстановлением и обустройством обители. В 1914 году, с началом Первой мировой войны, монастырь активно участвовал в помощи фронту, собирая вещи для отправки и создавая приют для сирот погибших воинов. К 1917 году в приюте находилось 75 детей.

С началом революции в 1917 году монастырь подвергся гонениям. Игумения Руфина была арестована большевиками, но вскоре освобождена белыми частями. В 1919 году, после ухода белых, она покинула монастырь с четырьмя сестрами и отправилась в беженство. Через несколько месяцев они добрались до Новониколаевска, где создали приют для 150 детей и получили разрешение на создание Марфо-Мариинской общины. Однако это начинание не удалось, и игумения Руфина с двумя послушницами отправилась на Дальний Восток. В июне 1923 года они прибыли в Харбин в Маньчжурии, где в 1924 году основали монастырь в честь Тихвинской иконы Божией Матери, продолжив русскую монашескую традицию за границей.

В 2004 году Чердынский монастырь был вновь открыт как мужской, и в настоящее время там ведутся восстановительные работы.