Der Johannes-Teologischer Männerkloster wurde in den Jahren 1462-1463 von dem Heiligen Jona, dem Bischof von Perm, im Gebiet Tscherdyn gegründet, das später Teil des Gouvernements Perm wurde, in der Nähe des Ortes, an dem später die Stadt Tscherdyn entstand.

Seit seiner Gründung stand das Kloster unter dem Schutz der Großpermischen Fürsten, die ihm bedeutende Ländereien schenkten. Nachdem die Großpermischen Fürsten gestürzt und aus Großperm verbannt wurden, erhielt das Kloster Unterstützung von dem Zaren aller Rus, Iwan IV. dem Schrecklichen. Dem Kloster wurden besondere Privilegien gewährt: Laut dem Zarenbrief war es den Gouverneuren untersagt, die Klosterbrüder zu verurteilen und die Klosterknechte zu bedrängen. Diese Privilegien wurden 1623 von Zar Michael Fjodorowitsch bestätigt.

Die erste detaillierte Auflistung des Klosters und seiner Besitztümer wurde 1623 erstellt. Zu diesem Zeitpunkt gehörten dem Kloster 6 Dörfer und ein Hof im Dorf Koltschug sowie umfangreiche Fischereirechte.

Das Theologische Kloster war weit über die Grenzen von Großperm bekannt. In den Jahrhunderten XVII-XVIII leisteten nicht nur die Bewohner von Tscherdyn, Solikamsk und Usolje, sondern auch von Wjatka, Groß-Ustjug, Werchoturje und Solwytschegodsk Beiträge zum Kloster. 1697 spendete die Fürstin E. Daschkowa dem Kloster das Kazan-Ikone der Gottesmutter. 1718 wurde im Kloster eine neue steinerne Kirche mit zwei Altären erbaut. 1764 führte Katharina II. eine Kirchenreform durch, infolgedessen viele Klöster und Kirchen geschlossen wurden. Auch das Johannes-Teologischer Kloster fiel unter diese Reform und wurde 1764 auf eigene Kosten gelassen, was zu seinem Verfall und der Schließung im Jahr 1784 führte. Die Mönche wurden in andere Klöster versetzt, während die Güter an das Dreifaltigkeits-Sergius-Kloster fielen. 1910 erhielt der Bischof Palladij von Perm und Solikamsk eine Bitte von den Einheimischen und der orthodoxen Gemeinschaft um Wiederherstellung des Klosters. Er unterstützte dieses Gesuch und leitete es an den Heiligen Synod in St. Petersburg weiter. Am 12. November 1911 überreichte Bischof Palladij den Stab der neu gewählten Äbtissin Nonne Rufina, und am 13. November machte sie sich mit sieben Schwestern von Perm auf den Weg nach Tscherdyn.

Äbtissin Rufina arbeitete acht Jahre lang an der Wiederherstellung und Einrichtung des Klosters. 1914, mit dem Beginn des Ersten Weltkriegs, beteiligte sich das Kloster aktiv an der Unterstützung der Front, indem es Dinge zum Versenden sammelte und ein Heim für die Waisen gefallener Soldaten einrichtete. Bis 1917 befanden sich 75 Kinder im Heim.

Mit dem Beginn der Revolution 1917 wurde das Kloster verfolgt. Äbtissin Rufina wurde von den Bolschewiki verhaftet, jedoch bald von den Weißen Truppen befreit. 1919, nach dem Abzug der Weißen, verließ sie das Kloster mit vier Schwestern und ging ins Exil. Nach einigen Monaten erreichten sie Nowonikolajewsk, wo sie ein Heim für 150 Kinder gründeten und die Erlaubnis zur Gründung der Marfa-Mariinskaja-Gemeinschaft erhielten. Dieses Vorhaben scheiterte jedoch, und Äbtissin Rufina machte sich mit zwei Novizinnen auf den Weg in den Fernen Osten. Im Juni 1923 kamen sie in Harbin in Mandschurei an, wo sie 1924 ein Kloster zu Ehren der Tichwin-Ikone der Gottesmutter gründeten und die russische Mönchstradition im Ausland fortsetzten.

Im Jahr 2004 wurde das Tscherdyn-Kloster erneut als Männerkloster eröffnet, und derzeit finden dort Restaurierungsarbeiten statt.