Selon des données non confirmées, la population orthodoxe en Indonésie est d'environ 2000 personnes, parmi lesquelles de nombreux autochtones. Dans le pays, 9 prêtres exercent, et plusieurs églises orthodoxes existent. L'une d'elles, la cathédrale de l'apôtre Thomas, est située à Jakarta, où le père Boris est le recteur.

Les services dans l'église ont leurs particularités. À l'entrée, les fidèles enlèvent leurs chaussures, et les femmes se couvrent la tête avec un foulard. Les hommes et les femmes se tiennent séparément : les hommes à droite, les femmes à gauche. Tous les fidèles ont des livrets avec les textes de la Sainte Liturgie et participent activement au service, prononçant même les parties généralement exécutées par le chœur.

Le 3 novembre 2019, un service collectif du clergé de la mission indonésienne a eu lieu dans l'église de l'apôtre Thomas. La veille, il a été décidé de passer sous la direction canonique unique de l'Exarchat patriarcal d'Asie du Sud-Est.