Según datos no confirmados, la cantidad de ortodoxos en Indonesia es de aproximadamente 2000 personas, entre las cuales hay muchos nativos locales. En el país sirven 9 clérigos y hay varias iglesias ortodoxas. Una de ellas, la catedral de San Tomás Apóstol, está ubicada en Yakarta, donde el padre Boris es el párroco.

Los servicios en la iglesia tienen sus particularidades. Al entrar, los feligreses se quitan los zapatos y las mujeres cubren su cabeza con un pañuelo. Hombres y mujeres están separados: hombres a la derecha, mujeres a la izquierda. Todos los feligreses tienen libretas con los textos de la Santa Liturgia y participan activamente en el servicio, pronunciando incluso aquellas partes que normalmente realiza el coro.

El 3 de noviembre de 2019, se llevó a cabo un servicio conjunto del clero de la misión indonesia en la iglesia de San Tomás Apóstol. Un día antes, se tomó la decisión de pasar bajo la única administración canónica del Exarcado Patriarcal de Asia Sudeste.