Laut unbestätigten Angaben beträgt die Anzahl der Orthodoxen in Indonesien etwa 2000 Personen, darunter viele einheimische Ureinwohner. Im Land dienen 9 Geistliche, und es gibt mehrere orthodoxe Kirchen. Eine davon, die Kathedrale des heiligen Apostels Thomas, befindet sich in Jakarta, wo Vater Boris der Pfarrer ist.

Die Gottesdienste in der Kirche haben ihre Besonderheiten. Beim Betreten ziehen die Gemeindemitglieder ihre Schuhe aus, und Frauen bedecken ihren Kopf mit einem Tuch. Männer und Frauen stehen getrennt: Männer rechts, Frauen links. Alle Gemeindemitglieder haben Bücher mit den Texten der Heiligen Liturgie und nehmen aktiv am Gottesdienst teil, indem sie sogar die Teile sprechen, die normalerweise vom Chor gesungen werden.

Am 3. November 2019 fand in der Kirche des Apostels Thomas ein gemeinschaftlicher Gottesdienst des Klerus der indonesischen Mission statt. Am Vorabend wurde die Entscheidung getroffen, unter die einheitliche kanonische Verwaltung des Patriarchalischen Exarchats von Südostasien zu treten.