Fondé en 1765 par des vieux-croyants qui s'étaient installés à Starodub après la destruction du centre des vieux-croyants dans le village de Vetka, le monastère de Klimovski Pokrovski est devenu un important centre religieux. À cette époque, une église en bois de la Protection, amenée de Vetka, a été établie ici, autour de laquelle le monastère s'est formé.

Le monastère a obtenu son statut officiel le 22 avril 1768, lorsque le bureau de la province a délivré l'ordre correspondant. Il est rapidement devenu connu comme la « Lavra de toute la Russie », étant situé parmi les colonies de vieux-croyants.

Jusqu'au XIXe siècle, tous les bâtiments du monastère étaient en bois. Au centre se trouvait le temple de la Protection, auquel une église chaude de Nicolas a été ajoutée en 1772, ressemblant à une salle à manger. À proximité se trouvaient les cellules, la maison du supérieur et l'hospice, entourés d'une clôture.

Le 3 janvier 1848, le monastère a été transformé en monastère uniate et a longtemps conservé son influence, devenant, par décret de l'empereur, une abbaye de première classe. Au XIXe siècle, une cathédrale en pierre de la Protection a été construite, suivie d'une église chaude et d'une clôture, formant un petit complexe entouré d'un mur en briques de trois mètres.

Après la révolution de 1917, le monastère a perdu tous ses biens. Depuis 1919, un colonie d'enfants a été installée sur son territoire, puis l'école-Internat de Klimov. En 1922, une confiscation des valeurs ecclésiastiques a eu lieu, y compris 24 pouds d'argent et 3-4 pouds d'or. En 1923, le monastère a été définitivement fermé.

À l'époque soviétique, une partie des bâtiments a été détruite ou reconstruite, la clôture a été démantelée. Les bâtiments ont abrité des établissements pour enfants et un sovkhoze. À la fin du XXe siècle, seuls la cathédrale, l'église chaude et quelques bâtiments reconstruits ont été conservés.

Dans les années 2000, la restauration des bâtiments détruits a commencé. Les services religieux ont repris dans l'église de Saint Nicolas le Thaumaturge. En 2006, une partie des bâtiments a été transférée à l'Église orthodoxe russe, et le monastère a été ressuscité en tant que dépendance du désert de la Mère de Dieu de Kazan. Des travaux de réparation et d'aménagement du territoire ont été réalisés.

Du 16 au 18 octobre 2013, une commission spéciale du département synodal des monastères et de la vie monastique a examiné la question de l'ouverture d'un monastère masculin dans le village de Pokrovskoe, dans le district de Klimovski, dans la région de Briansk. Le 9 août 2017, la commission a de nouveau visité le monastère et a donné son accord pour son ouverture.

Le 8 octobre, lors de la réunion du Saint Synode, il a été décidé d'ouvrir le monastère masculin de Klimovski Pokrovski et de nommer l'hiéromoine Photios (Zherebtsov) comme son supérieur. Actuellement, la communauté du monastère se compose d'un hiéromoine et de quatre novices. Des services religieux sont célébrés quotidiennement dans l'église réparée de Nicolas, et des travaux de réparation de la cathédrale de la Protection sont en cours.