Gegründet im Jahr 1765 von den Altgläubigen, die nach der Zerstörung des Zentrums der Altgläubigen in der Siedlung Wetka nach Starodubje umgesiedelt wurden, wurde das Klimowski Pokrowski Kloster zu einem wichtigen religiösen Zentrum. Zu dieser Zeit wurde hier die hölzerne Kirche des Pokrows, die aus Wetka gebracht wurde, errichtet, um die sich das Kloster bildete.

Der offizielle Status des Klosters wurde am 22. April 1768 verliehen, als die Gouvernementsbehörde den entsprechenden Befehl erteilte. Bald wurde es als „Lavra für ganz Russland“ bekannt und befand sich unter den Siedlungen der Altgläubigen.

Bis zum 19. Jahrhundert waren alle Gebäude des Klosters aus Holz. Im Zentrum befand sich der Pokrowski Tempel, an den 1772 die warme Nikolai-Kirche angebaut wurde, die an eine Speisehalle erinnerte. Daneben lagen die Zellen, das Haus des Abtes und das Waisenhaus, umgeben von einem Zaun.

Am 3. Januar 1848 wurde das Kloster in ein einheitliches Kloster umgewandelt und behielt lange seinen Einfluss, da es auf Befehl des Kaisers zur regulären Abtei 1. Klasse wurde. Im 19. Jahrhundert wurde die steinerne Pokrowski Kathedrale erbaut, und später die warme Kirche und die Umzäunung, die einen kleinen Komplex bildeten, umgeben von einer drei Meter hohen Ziegelmauer.

Nach der Revolution von 1917 verlor das Kloster alle Besitztümer. Ab 1919 befand sich auf seinem Gelände eine Kinderkolonie, später die Klimowskaja Internatsschule. 1922 wurde eine Beschlagnahme von Kirchenwerten durchgeführt, einschließlich 24 Pud Silber und 3-4 Pud Gold. 1923 wurde das Kloster endgültig geschlossen.

In der Sowjetzeit wurden Teile der Gebäude zerstört oder umgebaut, die Umzäunung abgerissen. In den Gebäuden waren Kinderinstitutionen und ein Staatsbetrieb untergebracht. Bis Ende des 20. Jahrhunderts blieben nur die Kathedrale, die warme Kirche und einige umgebaute Gebäude erhalten.

In den 2000er Jahren begann die Wiederherstellung der zerstörten Gebäude. In der Kirche des Heiligen Nikolaus des Wundertäters wurden die Gottesdienste wieder aufgenommen. 2006 wurde ein Teil der Gebäude an die Russische Orthodoxe Kirche übergeben, und das Kloster wurde als Filiale der Kazan-Ploščanskaja Gottesmutter-Wüste wiederbelebt. Es wurden Renovierungsarbeiten und die Gestaltung des Geländes durchgeführt.

Vom 16. bis 18. Oktober 2013 prüfte eine spezielle Kommission der Synodalabteilung für Klöster und Mönchtum die Frage der Eröffnung eines Männerklosters im Dorf Pokrowskoje im Klimowski Bezirk der Region Brjansk. Am 9. August 2017 besuchte die Kommission erneut das Kloster und gab ihre Zustimmung zur Eröffnung.

Am 8. Oktober wurde in der Sitzung des Heiligen Synods die Entscheidung getroffen, das Klimowski Pokrowski Männerkloster zu eröffnen und den Hieromönch Fotij (Zherebcov) zu seinem Abt zu ernennen. Derzeit besteht die Bruderschaft des Klosters aus einem Hieromönch und vier Novizen. In der renovierten Nikolai-Kirche finden täglich Gottesdienste statt, und die Renovierung der Pokrowski Kathedrale wird aktiv vorangetrieben.