Fundado en 1765 por viejos creyentes que se trasladaron a Starodub después de la destrucción del centro de viejos creyentes en la aldea de Vetka, el monasterio Pokrovsky de Klimov se convirtió en un importante centro religioso. En ese momento, se estableció una iglesia de madera de Pokrov, traída de Vetka, alrededor de la cual surgió el monasterio.

El monasterio recibió su estatus oficial el 22 de abril de 1768, cuando la oficina gubernamental emitió la orden correspondiente. Pronto se hizo conocido como la "Lavra de toda Rusia", estando entre los asentamientos de viejos creyentes.

Hasta el siglo XIX, todos los edificios del monasterio eran de madera. En el centro se encontraba el templo de Pokrov, al que en 1772 se le añadió una cálida iglesia de Nicolás, que recordaba a un refectorio. Cerca estaban las celdas, la casa del abad y un asilo, rodeados por una cerca.

El 3 de enero de 1848, el monasterio fue transformado en uno de fe única y mantuvo su influencia durante mucho tiempo, convirtiéndose por decreto del emperador en un monasterio de clase 1. En el siglo XIX se construyó la catedral de piedra de Pokrov, y más tarde, la iglesia cálida y la cerca, formando un pequeño complejo rodeado por una pared de ladrillo de tres metros.

Después de la revolución de 1917, el monasterio perdió todas sus propiedades. Desde 1919, en su territorio funcionó una colonia infantil, luego la escuela-internado de Klimov. En 1922 se llevó a cabo la confiscación de bienes eclesiásticos, incluyendo 24 puds de plata y 3-4 puds de oro. En 1923, el monasterio fue cerrado definitivamente.

En la época soviética, parte de los edificios fue destruida o reconstruida, y la cerca desmantelada. En los edificios se ubicaron instituciones infantiles y un sovjós. A finales del siglo XX, solo quedaron la catedral, la iglesia cálida y varios edificios reconstruidos.

En la década de 2000, comenzó la restauración de los edificios destruidos. En el templo del Santo Nicolás el Milagroso se reanudaron los servicios religiosos. En 2006, parte de los edificios fue entregada a la Iglesia Ortodoxa Rusa, y el monasterio resurgió como una dependencia del desierto de la Madre de Dios de Kazán. Se llevaron a cabo trabajos de reparación y embellecimiento del territorio.

Del 16 al 18 de octubre de 2013, una comisión especial del Departamento Sinodal de Monasterios y Monacato consideró la cuestión de la apertura de un monasterio masculino en la aldea de Pokrovskoye, en el distrito de Klimov de la región de Bryansk. El 9 de agosto de 2017, la comisión visitó nuevamente el monasterio y dio su consentimiento para su apertura.

El 8 de octubre, en una reunión del Santo Sínodo, se tomó la decisión de abrir el monasterio masculino Pokrovsky de Klimov y nombrar al ieromonje Fotiy (Zherebtsov) como su abad. Actualmente, la comunidad del monasterio está compuesta por un ieromonje y cuatro postulantes. En la iglesia restaurada de Nicolás se celebran servicios religiosos diariamente, y se está llevando a cabo activamente la reparación de la catedral de Pokrov.