Selon des documents d'archives, une église en bois se trouvait à cet endroit depuis 1510. La construction de l'église en pierre a commencé en 1737. Le seul autel de l'église a été consacré en l'honneur de l'Origine des Saintes Croix Vivifiantes du Seigneur. L'intérieur de l'église était richement décoré, y compris un unique iconostase sculpté avec des pierres précieuses et des perles, ce qui correspondait à l'esthétique générale du domaine. Cette église fait toujours partie de l'ensemble architectural et artistique de Kouskovo.

L'église du Sauveur Tout-Miséricordieux à Kouskovo est considérée comme l'un des rares monuments de Moscou dans le style « baroque annien », caractéristique de l'époque d'Anna Ivanovna.

L'histoire de l'église est étroitement liée à la dynastie des Romanov. Dans l'église, située dans le domaine des Cheremetiev, ont prié des personnalités royales telles que les impératrices Élisabeth Petrovna et Catherine II, l'empereur Alexandre III avec son épouse Maria Fiodorovna et son héritier Nicolas Alexandrovitch, ainsi que l'empereur Nicolas II avec son héritier.

En 1919, le domaine de Kouskovo est devenu un musée d'État, et le bâtiment de l'église a été réaménagé en entrepôt. Il a existé sous cette forme jusqu'en 1991, lorsque l'église a été à nouveau consacrée.

Après une longue rénovation, l'église a de nouveau ouvert ses portes aux fidèles et a obtenu le statut d'objet du patrimoine culturel de la Fédération de Russie.