Según documentos de archivo, desde 1510 en este lugar había una iglesia de madera. En 1737 comenzó la construcción del templo de piedra. El único altar de la iglesia fue consagrado en honor a la Aparición de las Santas Reliquias de la Cruz Vivificante del Señor. El interior del templo estaba ricamente decorado, incluyendo un único iconostasio tallado con piedras preciosas y perlas, lo que correspondía a la estética general de la mansión. Esta iglesia sigue siendo parte del conjunto arquitectónico y artístico de Kuskovo.

La Iglesia del Salvador Misericordioso en Kuskovo es considerada uno de los raros monumentos de Moscú que se han conservado en el estilo del "barroco annensky", característico de la época de Anna Ioánnovna.

La historia del templo está estrechamente relacionada con la dinastía Romanov. En el templo, ubicado en la mansión de los Sheremétiev, oraron personalidades reales como las emperatrices Elizabeth Petrovna y Catalina II, el emperador Alejandro III con su esposa María Fedorovna y su heredero Nicolás Alexandrovich, así como el emperador Nicolás II con su heredero.

En 1919, la mansión de Kuskovo se convirtió en un museo estatal, y el edificio de la iglesia fue convertido en un almacén. Así existió hasta 1991, cuando la iglesia fue nuevamente consagrada.

Después de una larga renovación, el templo volvió a abrir sus puertas a los feligreses y recibió el estatus de objeto de patrimonio cultural de la Federación Rusa.