À l'est de la cathédrale de la Trinité se trouve l'église à coupole de la Protection. Elle a été construite sur la base d'une petite église domestique du grand-prince de la Trinité, qui avait un sous-sol élevé avec de profonds caves voûtées. Comme d'autres églises de la sloboda d'Alexandrov au début du XVIe siècle, l'église a été érigée en brique et en pierre blanche. La coupole en brique, considérée comme le prototype de toutes les églises à coupole suivantes, était couverte de tuiles. L'autel et la coupole ont été peints dans les années 1570, et une partie des fresques a survécu jusqu'à nos jours. Les portails en pierre blanche à l'entrée étaient ornés de délicates sculptures. Des palais de cour avec des sous-sols étaient adjacents à l'église. En 1680, lorsque l'église paroissiale de la Trinité est restée sans prêtres, les services religieux y ont cessé. Par décret du Tsar Théodore Alexeïevitch et bénédiction du Patriarche Joakim, l'église a été transférée au monastère féminin de la Dormition avec l'ordre d'agrandir l'autel, de construire une chapelle en l'honneur du grand martyr Théodore Stratilate et une salle à manger chaude. Entre 1680 et 1681, des travaux de construction à grande échelle ont été réalisés au monastère et dans l'église de la Trinité, pour lesquels le Tsar a alloué pas moins de 700 roubles du trésor. Les travaux étaient dirigés par des clercs de Moscou, ainsi que des tubistes du Grand Palais et d'autres artisans. À partir de juin 1681, la construction du monastère féminin de la Dormition a été dirigée par le diacre Semyon Kudryavtsev du monastère de la Trinité-Sergueï.

De nombreux artisans ont travaillé à la construction : maçons et charpentiers de Moscou, du monastère de la Trinité-Sergueï, de Yaroslavl, de Souzdal et d'autres lieux. Les habitants d'Alexandrov et des environs extrayaient de la pierre blanche et des pierres de taille, produisaient de la chaux et des briques. À la partie de la salle à manger de l'église, des escaliers en pierre blanche avec des perrons ont été ajoutés, un perron à coupole au sud et un perron avec des couloirs au nord, ainsi qu'un troisième perron sous le clocher à l'ouest. Les toits étaient couverts de bardeaux jusqu'au début du XIXe siècle, les fenêtres avaient des inserts en mica, et au rez-de-chaussée se trouvaient des grilles en fer forgé. Trois croix en chêne sur l'église étaient recouvertes de fer, le sol de la salle à manger était pavé de briques en chêne et ciré. Pour le chauffage, trois poêles ont été installés, ornés de carreaux blancs et verts.

À l'ouest, une cloche en pierre a été ajoutée, typique du XVIIe siècle, avec quatre niveaux et un octogone pour le carillon avec un sommet en coupole. La cloche abritait 9 cloches et une horloge, appelée « horloge de fer russe de combat », qui mesurait le temps selon le lever et le coucher du soleil. À côté de la cloche se trouvait une cellule pour les moniales horlogères. Au rez-de-chaussée sous l'église se trouvaient la salle à manger, la cuisine et la boulangerie, ainsi que des cellules pour les moniales.

Après la reconstruction de 1682, l'église a été consacrée en l'honneur de la Protection de la Vierge. Dans la chapelle se trouvait un vestiaire, car un temple séparé avait été consacré en l'honneur du grand martyr Théodore Stratilate. L'archimandrite Léonide Kavelin, décrivant le monastère de la Dormition à la fin du XIXe siècle, notait que l'église de la Protection servait d'église d'hiver pour les services quotidiens des moniales, grâce à la salle à manger pratique. Pour le confort de l'abbesse âgée et des moniales, un passage couvert en bois a été construit, reliant l'église à la maison de l'abbesse.

Du XVIIIe siècle au début du XXe siècle, des travaux de réparation ont été effectués à plusieurs reprises dans l'église de la Protection et les iconostases ont été renouvelés. Dans les années 1860, les murs de la salle à manger ont été ornés de peintures. En mars 1922, les précieux cadres et ornements des icônes ont été confisqués pour aider les affamés, et en avril, les ornements les plus précieux, les cadres en basme et les icônes des XVIIe et XVIIIe siècles ont été transférés aux fonds muséaux. Au début de 1923, l'église de la Protection, comme d'autres églises du monastère, a été fermée. Actuellement, l'église abrite une exposition permanente du musée « Sloboda d'Alexandrov ».