En el este de la Catedral de la Trinidad se encuentra la iglesia de la Protección, de cúpula en forma de tienda. Fue construida sobre la base de una pequeña iglesia doméstica de la Trinidad, que tenía un alto sótano con profundas bóvedas. Al igual que otras iglesias de la aldea de Alexandrov a principios del siglo XVI, la iglesia fue erigida con ladrillo y piedra blanca. La cúpula de ladrillo, considerada el prototipo de todas las cúpulas posteriores, estaba cubierta de tejas. El altar y la cúpula fueron pintados en la década de 1570, y parte de los frescos se ha conservado hasta nuestros días. Los portales de piedra blanca en la entrada estaban adornados con delicados tallados. Al templo se adosaban palacios con sótanos. En 1680, cuando la iglesia parroquial de la Trinidad quedó sin clérigos, se interrumpieron los servicios religiosos en ella. Por orden del Zar Teodoro Alexéyevich y con la bendición del Patriarca Joaquín, la iglesia fue entregada al monasterio de doncellas de la Asunción con la instrucción de ampliar el altar, construir una capilla en honor al gran mártir Teodoro Estratilata y un refectorio caliente. Entre 1680 y 1681 se llevaron a cabo grandes trabajos de construcción en el monasterio y en la iglesia de la Trinidad, para los cuales el Zar asignó no menos de 700 rublos del tesoro. Las obras fueron dirigidas por escribas de Moscú, así como por los tuberos del Gran Palacio y otros maestros. Desde junio de 1681, el diácono Semión Kudriávtsev del monasterio de la Trinidad de San Sergio se encargó de la construcción del monasterio de la Asunción.

En la construcción trabajaron numerosos maestros: albañiles y carpinteros de Moscú, del monasterio de la Trinidad de San Sergio, de Yaroslavl, de Suzdal y de otros lugares. Los habitantes de Alexandrov y sus alrededores extraían piedra blanca y piedra de canto, producían cal y ladrillo. Se adosaron escaleras de piedra blanca con porches a la parte del refectorio de la iglesia, un porche de cúpula al sur y un porche con pasillos al norte, así como un tercer porche bajo el campanario al oeste. Los techos hasta principios del siglo XIX estaban cubiertos de tablones, las ventanas tenían inserciones de mica, y en el primer piso había rejas forjadas. Tres cruces de roble en la iglesia estaban revestidas de hierro, el suelo en la parte del refectorio estaba pavimentado con ladrillos de roble y encerado. Para la calefacción se instalaron tres estufas, decoradas con azulejos blancos y verdes.

Al oeste se adosó un campanario de piedra, característico del siglo XVII, con cuatro niveles y un octágono de campanas con una parte superior en forma de tienda. En el campanario se colocaron 9 campanas y un reloj, llamado "reloj de hierro ruso de combate", que marcaba el tiempo según la salida y la puesta del sol. Junto al campanario había una celda para las monjas que se encargaban de las horas. En el piso inferior bajo la iglesia se encontraban el refectorio, la cocina y la panadería, así como celdas para las monjas.

Después de la reconstrucción de 1682, la iglesia fue reconsagrada en honor a la Protección de la Virgen. En la capilla se ubicó la sacristía, ya que se consagró un templo separado en honor al gran mártir Teodoro Estratilata. El archimandrita Leónid Kavelin, al describir el monasterio de la Asunción a finales del siglo XIX, señalaba que la iglesia de la Protección servía como iglesia de invierno para los servicios diarios de las monjas, gracias a su conveniente refectorio. Para la comodidad de la anciana abadesa y las monjas, se construyó un pasaje cubierto de madera que conectaba la iglesia con la casa de la abadesa.

Desde el siglo XVIII hasta principios del siglo XX, se realizaron repetidas reparaciones en la iglesia de la Protección y se renovaron los iconostasios. En la década de 1860, las paredes de la parte del refectorio fueron decoradas con pintura. En marzo de 1922, se retiraron los marcos y vestiduras preciosas de los íconos para ayudar a los hambrientos, y en abril, las vestiduras más valiosas, los marcos de basma y los íconos de los siglos XVII-XVIII fueron transferidos a los fondos del museo. A principios de 1923, la iglesia de la Protección, al igual que otros templos del monasterio, fue cerrada. Actualmente, en el templo se encuentra una exposición permanente del museo "Aldea de Alexandrov".