Das alte Glaskovo-Vorstadtgebiet, obwohl jünger als Irkutsk, ist seit dem späten 17. Jahrhundert bekannt. Einige glauben, dass Irkutsk genau hier begann, und erinnern sich an die Winterunterkunft auf der Diätschen-Insel. Doch bis zum frühen 19. Jahrhundert, als die Landstraße Kurgomorski angelegt wurde, blieb das Vorstadtgebiet wenig besiedelt und arm, da es zur Gemeinde der Dreifaltigkeitskirche jenseits des Angara-Flusses gehörte, was den Zugang in der Nebensaison erschwerte. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts wünschten sich die Bewohner des Glaskovo-Vorstadtgebiets, eine eigene Kirche zu bauen. 1811 schlug der irkutskische Kaufmann N.S. Chupalov vor, eine steinerne Kirche im Namen des heiligen Nikolaus im Dorf Mogilevo zu errichten, doch seine Initiative wurde nicht umgesetzt, und Glaskovo blieb weitere fünfzig Jahre ohne Kirche.

Am 14. November 1857 wandten sich die Bewohner des Vorstadtgebiets an den Irkutsker und Nerchinsker Bischof Eusebius mit der Bitte um den Bau einer steinernen Kirche. Der Vorsteher der Dreifaltigkeitskirche, J.S. Malkov, erwarb ein Grundstück im Zentrum des Vorstadtgebiets, bereitete Materialien vor und übernahm die Kosten für den Bau, einschließlich eines Hauses für den Priester. Die Bewohner baten um den Segen für den Bau einer einschiffigen Kirche mit einem hölzernen Glockenturm im Namen der Heiligen Nikolaus und Innocentius sowie um die Einrichtung eines Friedhofs. Am 8. Dezember desselben Jahres stimmte Eusebius dem Bau zu und wies auf die Notwendigkeit hin, den Plan mit der gubernialen Baukommission und dem Architekten abzustimmen.

Im Frühjahr 1858 wurden die Genehmigungen erteilt, und am 27. April wurde die Kirche eingeweiht. Davor fand eine Liturgie und ein Kreuzgang statt. Die Bedeutung des Ereignisses wurde durch die Teilnahme hochrangiger Persönlichkeiten unterstrichen. Die Kirche wurde in anderthalb Jahren erbaut.

Am 18. September 1859 wurde die Fertigstellung des Baus und die Bereitschaft der Kirche zur Weihe bekannt gegeben. Am 20. September wurde die Kirche von Eusebius geweiht. Der Bau kostete J.S. Malkov 10.000 Rubel, und für die Ausstattung und Bücher kamen weitere 2.000 Rubel von Wohltätern. Die Kirche wurde im klassizistischen Stil mit Ziegelwänden und bescheidener Dekoration erbaut.

Vier Jahre später, am 16. Juni 1863, begann der Bau einer Kapelle im Namen der Himmelfahrt der Gottesmutter auf Kosten von I.S. Mogilev. Die Weihe fand am 28. April 1866 statt. Die Kapelle störte die Symmetrie des Gebäudes, hatte jedoch einen separaten Eingang und eine halbrunde Apsis. In der Folge wurden im Tempel nur laufende Reparaturen durchgeführt.

Im Jahr 1883 wurde der Tempel von innen geschmückt, und ein Bogen wurde durchbrochen, der beide Kirchen verband. Die Arbeiten kosteten 1.200 Rubel und wurden von den Gemeindemitgliedern und einer Subvention finanziert. Vor dem Ersten Weltkrieg war eine Erweiterung der Kirche geplant, doch der Krieg und die nachfolgenden Ereignisse verhinderten dies.

Die Politik des Atheismus und wirtschaftliche Schwierigkeiten führten zum Niedergang der Kirche. 1932 wurde das Kirchenvermögen geplündert, und 1933 wurden die Glocken abgenommen. 1934 wurde die Kirche geschlossen, das Gebäude wurde als Klub und später als Kino „Zarya“ genutzt. 1979 wurde das Kino geschlossen, und das Gebäude wurde verlassen.

Im Jahr 1990 wurde das Gebäude als Denkmal anerkannt, und 1994 begann seine Restaurierung. 1997 wurde das Gebäude an die Irkutsker Patriarchie zurückgegeben, und archäologische Arbeiten begannen. Im Jahr 2000 wurde beschlossen, an derselben Stelle eine neue Kirche zu bauen. 2001 begann der Bau, der 2003 abgeschlossen wurde.

Das neue Gebäude entspricht dem Original, hat jedoch ein Untergeschoss und eine Lichtkuppel. Der Glockenturm wurde mit neuen Glocken geschmückt. In der Kirche wurden moderne Kommunikations- und Heizsysteme installiert. Im Jahr 2003 fand die Weihe aller drei Kapellen der Kirche statt.