Нижняя часть кремля расположена в зоне с неблагоприятными гидрогеологическими условиями. Здесь наблюдаются выходы подземных вод и частые оползни, которые заполнили древние овраги и промоины наносным грунтом. В районе Зачатской башни толщина этих слоёв достигает 11-13 метров, что стало причиной постоянных разрушений.

Первый значительный ремонт кремля был проведён в 1620 году Первушей Даниловым, присланным из Москвы, через сто лет после его постройки. Он добавил множество контрфорсов к пряслам и башням подгорной части. Однако уже в Писцовой книге 1621-1622 годов упоминается о плохом состоянии стены, через которую проходят люди. В документах также говорится о Зачатской башне как о двухъярусной, что может отражать её состояние на тот момент, когда она уже разрушалась и частично перестраивалась. В 1646 году воевода Д. Лодыгин и дьяк Г. Патрикеев сообщали о разрушениях обеих башен участка и стен. В смете нижегородского посадского Семёна Задорина 1650-1651 годов говорится, что контрфорсы осыпались, а башня осела и отклонилась под гору. Его план по гидротехническим работам и перестройке стены с использованием дубовых свай не был реализован.

В XVIII веке разрушения продолжались. По описи 1765 года у башни обрушились два свода проезда, и ворота были заложены кирпичом и брёвнами. После частичной разборки Зачатской и Борисоглебской башен в 1785-1787 годах губернатор Ребиндер провёл ремонт подгорного участка кремля. В 1833 году была возведена тонкая кирпичная стена, а на месте башни устроен сход к Живоносному источнику с караулками и окнами, имитирующими бойницы. В XIX веке началось новое разрушение подгорной части. В 1965 году под руководством архитектора С.Л. Агафонова началось исследование башни. Её остатки были расчищены, но затем оставлены разрушаться. Около 1980 года проводилась ещё одна расчистка, позволившая архитектору И.С. Агафоновой создать графические реконструкции башни.

В 2000-е годы власти активно продвигали идею восстановления кремлёвского кольца. Однако к тому времени в городе была закрыта Горьковская научно-реставрационная мастерская, и мнения горожан разделились: одни поддерживали проект, другие призывали к осторожности.

Существовало два варианта реконструкции башни: с воротами на переднем фасаде и с воротами в западной боковой стене. Хотя в кремле нет других примеров боковых ворот, здесь были намёки на такую схему. Зачатская башня имела самые широкие внутренние ворота, скошенные к западу, что облегчало бы разворот транспорта. Башня контролировала уязвимый участок кремля, не имея рва и укреплений. Однако выбрали вариант с прямым проездом, более привлекательный внешне. Были предложены разные варианты оформления павильона, который должен был прикрыть часть руин. Воссоздание средневекового строения с аутентичными материалами не рассматривалось. Строительство велось с использованием современных технологий, и все элементы фортификации являются имитацией. В итоге был создан защитный футляр над древними руинами, музей получил дополнительные площади, а периметр кремля был перекрыт. Таким образом, реконструированная башня является современным музейным помещением, внешне напоминающим Зачатьевскую башню.