La parte inferior del kremlin se encuentra en una zona con condiciones hidrogeológicas desfavorables. Aquí se observan afloramientos de aguas subterráneas y frecuentes deslizamientos de tierra, que han llenado antiguos barrancos y zanjas con sedimentos. En la zona de la Torre Zachatyevskaya, el grosor de estas capas alcanza de 11 a 13 metros, lo que ha causado constantes destrucciones.

La primera reparación significativa del kremlin se llevó a cabo en 1620 por Pervusha Danilov, enviado desde Moscú, cien años después de su construcción. Añadió numerosos contrafuertes a los tramos y torres de la parte inferior. Sin embargo, ya en el Libro de Posesiones de 1621-1622 se menciona el mal estado de la muralla por la que pasan las personas. Los documentos también mencionan la Torre Zachatyevskaya como de dos niveles, lo que puede reflejar su estado en ese momento, cuando ya estaba en ruinas y parcialmente reconstruida. En 1646, el voivoda D. Lodygin y el escribano G. Patrikeev informaron sobre las destrucciones de ambas torres y de las murallas. En el presupuesto del posad de Nizhni Nóvgorod de Semión Zadorin de 1650-1651 se menciona que los contrafuertes se habían derrumbado y que la torre se había asentado y se había desviado hacia la colina. Su plan para trabajos hidráulicos y la reconstrucción de la muralla utilizando pilotes de roble no se llevó a cabo.

En el siglo XVIII, las destrucciones continuaron. Según el inventario de 1765, se derrumbaron dos arcos de paso en la torre, y las puertas fueron selladas con ladrillos y troncos. Después de la demolición parcial de las torres Zachatyevskaya y Borisoglebskaya entre 1785 y 1787, el gobernador Rebinder llevó a cabo reparaciones en la parte inferior del kremlin. En 1833 se erigió una delgada muralla de ladrillo, y en el lugar de la torre se construyó un acceso al manantial vivificante con garitas y ventanas que imitan saeteras. En el siglo XIX, comenzó una nueva destrucción de la parte inferior. En 1965, bajo la dirección del arquitecto S.L. Agafonov, se inició la investigación de la torre. Sus restos fueron despejados, pero luego se dejaron en ruinas. Alrededor de 1980 se realizó otra limpieza, que permitió a la arquitecta I.S. Agafonova crear reconstrucciones gráficas de la torre.

En la década de 2000, las autoridades promovieron activamente la idea de restaurar el anillo del kremlin. Sin embargo, para entonces, se había cerrado el taller de restauración científica de Gorky, y las opiniones de los ciudadanos estaban divididas: algunos apoyaban el proyecto, otros pedían precaución.

Existían dos opciones para la reconstrucción de la torre: con puertas en la fachada frontal y con puertas en la pared lateral occidental. Aunque no hay otros ejemplos de puertas laterales en el kremlin, aquí había indicios de tal esquema. La Torre Zachatyevskaya tenía las puertas internas más anchas, inclinadas hacia el oeste, lo que facilitaría el giro del transporte. La torre controlaba un área vulnerable del kremlin, sin foso ni fortificaciones. Sin embargo, se eligió la opción con un paso directo, más atractiva visualmente. Se propusieron diferentes opciones de diseño para el pabellón que debía cubrir parte de las ruinas. La recreación de la estructura medieval con materiales auténticos no fue considerada. La construcción se llevó a cabo utilizando tecnologías modernas, y todos los elementos de fortificación son imitaciones. Como resultado, se creó una funda protectora sobre las antiguas ruinas, el museo obtuvo espacios adicionales y el perímetro del kremlin fue cerrado. Así, la torre reconstruida es un moderno espacio museístico que recuerda exteriormente a la Torre Zachatyevskaya.