Der untere Teil des Kremls befindet sich in einem Gebiet mit ungünstigen hydrogeologischen Bedingungen. Hier gibt es Ausflüsse von Grundwasser und häufige Erdrutsche, die alte Schluchten und Gräben mit Ablagerungen gefüllt haben. Im Bereich des Zachatievskaya-Turms erreicht die Dicke dieser Schichten 11-13 Meter, was zu ständigen Zerstörungen geführt hat.

Die erste bedeutende Reparatur des Kremls wurde 1620 von Perwuscha Danilow, der aus Moskau geschickt wurde, durchgeführt, hundert Jahre nach seiner Errichtung. Er fügte zahlreiche Stützpfeiler zu den Mauerabschnitten und Türmen des unteren Teils hinzu. Bereits im Katasterbuch von 1621-1622 wird der schlechte Zustand der Wand erwähnt, durch die die Menschen gehen. In den Dokumenten wird auch der Zachatievskaya-Turm als zweigeschossig beschrieben, was seinen Zustand zu diesem Zeitpunkt widerspiegeln könnte, als er bereits beschädigt und teilweise umgebaut war. 1646 berichteten der Woiwode D. Lodygin und der Diakon G. Patrikeev von Zerstörungen beider Türme und der Mauern des Abschnitts. Im Kostenvoranschlag des Nischni Nowgorod Kaufmanns Semjon Zadorin von 1650-1651 wird erwähnt, dass die Stützpfeiler abgebrochen waren und der Turm abgesackt und zur Seite geneigt war. Sein Plan für wasserbauliche Arbeiten und den Umbau der Mauer mit Eichenpfählen wurde nicht umgesetzt.

Im 18. Jahrhundert setzten sich die Zerstörungen fort. Laut einer Beschreibung von 1765 waren zwei Gewölbe des Durchgangs am Turm eingestürzt, und die Tore wurden mit Ziegeln und Balken zugemauert. Nach einer teilweisen Abtragung der Zachatievskaya- und Borisoglebskaya-Türme in den Jahren 1785-1787 führte Gouverneur Rebinder Reparaturen am unteren Teil des Kremls durch. 1833 wurde eine dünne Ziegelmauer errichtet, und an der Stelle des Turms wurde ein Zugang zur Lebensspendenden Quelle mit Wachtürmen und Fenstern, die Schießscharten imitierten, eingerichtet. Im 19. Jahrhundert begann eine neue Zerstörung des unteren Teils. 1965 begann unter der Leitung des Architekten S.L. Agafonov eine Untersuchung des Turms. Seine Überreste wurden freigelegt, aber dann dem Verfall überlassen. Um 1980 fand eine weitere Freilegung statt, die es der Architektin I.S. Agafonova ermöglichte, grafische Rekonstruktionen des Turms zu erstellen.

In den 2000er Jahren förderten die Behörden aktiv die Idee der Wiederherstellung des Kremlrings. Zu diesem Zeitpunkt war jedoch die Gorki Wissenschafts- und Restaurierungswerkstatt in der Stadt geschlossen, und die Meinungen der Bürger waren geteilt: Einige unterstützten das Projekt, andere forderten Vorsicht.

Es gab zwei Varianten der Rekonstruktion des Turms: mit Toren an der Vorderfassade und mit Toren in der westlichen Seitenwand. Obwohl es im Kreml keine anderen Beispiele für Seitentore gibt, gab es hier Hinweise auf ein solches Schema. Der Zachatievskaya-Turm hatte die breitesten inneren Tore, die nach Westen geneigt waren, was das Wenden von Fahrzeugen erleichtert hätte. Der Turm kontrollierte einen verwundbaren Abschnitt des Kremls, ohne einen Graben und Befestigungen zu haben. Dennoch wurde die Variante mit dem direkten Durchgang gewählt, die äußerlich attraktiver war. Verschiedene Gestaltungsmöglichkeiten für den Pavillon, der einen Teil der Ruinen abdecken sollte, wurden vorgeschlagen. Der Wiederaufbau des mittelalterlichen Gebäudes mit authentischen Materialien wurde nicht in Betracht gezogen. Der Bau wurde mit modernen Technologien durchgeführt, und alle Elemente der Befestigung sind Nachbildungen. Letztendlich wurde eine schützende Hülle über den alten Ruinen geschaffen, das Museum erhielt zusätzliche Flächen, und der Perimeter des Kremls wurde geschlossen. Somit ist der rekonstruierte Turm ein modernes Museum, das äußerlich an den Zachatievskaya-Turm erinnert.