La partie inférieure du kremlin est située dans une zone aux conditions hydrogéologiques défavorables. On y observe des sorties d'eaux souterraines et des glissements de terrain fréquents, qui ont rempli les anciens ravins et canyons de sédiments. Dans la région de la tour de Zachatyevskaya, l'épaisseur de ces couches atteint 11-13 mètres, ce qui a entraîné des destructions constantes.

La première réparation significative du kremlin a été réalisée en 1620 par Pervusha Danilov, envoyé de Moscou, cent ans après sa construction. Il a ajouté de nombreux contreforts aux murs et tours de la partie inférieure. Cependant, déjà dans le Livre des recensements de 1621-1622, il est fait mention de l'état déplorable du mur par lequel passent les gens. Les documents mentionnent également la tour de Zachatyevskaya comme étant à deux niveaux, ce qui pourrait refléter son état à ce moment-là, alors qu'elle était déjà en ruine et partiellement reconstruite. En 1646, le voïvode D. Lodygin et le diacre G. Patrikeev ont signalé des destructions dans les deux tours de la section et des murs. Dans le budget du marchand nizhniy novgorodien Semyon Zadorin pour 1650-1651, il est indiqué que les contreforts s'étaient effondrés, et que la tour s'était affaissée et inclinée vers la colline. Son plan pour des travaux d'hydraulique et la reconstruction du mur avec des pieux en chêne n'a pas été réalisé.

Au XVIIIe siècle, les destructions se sont poursuivies. Selon l'inventaire de 1765, deux voûtes de passage se sont effondrées près de la tour, et les portes ont été murées avec des briques et des rondins. Après le démantèlement partiel des tours de Zachatyevskaya et de Borisoglebskaya entre 1785 et 1787, le gouverneur Rebinder a effectué des réparations sur la section inférieure du kremlin. En 1833, un mince mur en briques a été érigé, et à l'emplacement de la tour, un accès au Source Vivifiante a été aménagé avec des postes de garde et des fenêtres imitant des meurtrières. Au XIXe siècle, une nouvelle destruction de la partie inférieure a commencé. En 1965, sous la direction de l'architecte S.L. Agafonov, une étude de la tour a été lancée. Ses restes ont été dégagés, mais ensuite laissés à l'abandon. Vers 1980, un autre nettoyage a été effectué, permettant à l'architecte I.S. Agafonova de créer des reconstructions graphiques de la tour.

Dans les années 2000, les autorités ont activement promu l'idée de restaurer l'anneau du kremlin. Cependant, à ce moment-là, l'atelier scientifique et de restauration de Gorky avait été fermé, et les opinions des habitants étaient divisées : certains soutenaient le projet, d'autres appelaient à la prudence.

Il y avait deux options pour la reconstruction de la tour : avec des portes sur la façade avant et avec des portes dans le mur latéral ouest. Bien qu'il n'y ait pas d'autres exemples de portes latérales dans le kremlin, il y avait des allusions à un tel schéma. La tour de Zachatyevskaya avait les portes intérieures les plus larges, inclinées vers l'ouest, ce qui faciliterait le tournant des véhicules. La tour contrôlait une section vulnérable du kremlin, sans fossé ni fortifications. Cependant, l'option avec un passage direct, plus attrayante visuellement, a été choisie. Différentes options de conception pour le pavillon, qui devait couvrir une partie des ruines, ont été proposées. La reconstruction d'un bâtiment médiéval avec des matériaux authentiques n'a pas été envisagée. La construction a été réalisée en utilisant des technologies modernes, et tous les éléments de fortification sont des imitations. En fin de compte, un écrin de protection a été créé au-dessus des anciennes ruines, le musée a obtenu des espaces supplémentaires, et le périmètre du kremlin a été fermé. Ainsi, la tour reconstruite est un espace muséal moderne, ressemblant extérieurement à la tour de Zachatyevskaya.