Монастырь был основан в 1640 году при Якутском остроге игуменом Нафанаилом из Вологды на средства, пожертвованные царём Михаилом Фёдоровичем. Первая церковь монастыря была освящена в честь преподобного Михаила Малеина.

Из-за частых перемещений острога местоположение монастыря было нестабильным. В 1663 году служилые люди Якутского острога решили основать монастырь во имя Спаса и назначили Ивана Афанасьевича Овчинникова священником и строителем монастыря. В 1663 и 1665 годах монастырь получил пожертвования от царя Алексея Михайловича, на которые была построена Спасская церковь.

Небольшая братия Спасского монастыря, помимо проведения служб, занималась распространением основ православной веры и грамотности среди местных жителей.

В 1735 году архимандрит Нафанаил, по указанию епископа Иркутского Иннокентия Неруновича, организовал при монастыре первую в Якутии школу для обучения местных детей, но в 1747 году она закрылась.

В 1764 году, в ходе реформ Екатерины II, монастырь был выведен из синодального ведомства и содержался только на пожертвования. В 1766 и 1769 годах пришлось ликвидировать монастырское хозяйство и продать скот.

В 1800 году, по указу императора Павла I, при монастыре была открыта школа, которая в 1818 году стала Якутским духовным училищем для подготовки церковных кадров.

С XIX века монастырю вновь выделили государственное содержание и земли; его отнесли сначала к 3-му, затем ко 2-му классу. Началось строительство каменной Спасской церкви. В 1820 году на территорию монастыря перенесли старую Николаевскую церковь с городского рынка.

В 1853 и 1860 годах в монастыре находился первый архиерей с резиденцией в Якутске, святитель Иннокентий Вениаминов, который был настоятелем. При нём развернулось строительство: в 1859 году построили архиерейский дом с крестовой церковью. В 1866 году освятили новый каменный храм в честь Нерукотворного образа Спасителя. Монастырь располагался на пустынной окраине города.

В 1870 году, с образованием Якутской епархии, монастырь перешёл в подчинение епархиальному архиерею, а настоятелю присвоили звание наместника и сан игумена.

В 1884 году при монастыре открыли миссионерское училище и духовную семинарию, а в 1888 году, женское епархиальное училище.

В апреле 1904 года монастырь объединили с архиерейским домом. В начале XX века в монастыре было 4 насельника, а ему принадлежало 8 020 десятин земли. Почти все владения сдавались в аренду.

В марте 1919 года Якутский ревком закрыл все духовные учреждения. В 1920 году по приказу белогвардейцев у монастыря отобрали имущество и продукты, оставив монахам минимум для выживания. После восстановления советской власти монахи просили помощи, но получили отказ.

К 1921 году монастырь перестал существовать как хозяйствующий субъект. Ревком обнаружил на его территории только 30 бочек цемента. Монастырь национализировали, а здания передали Краеведческому музею.

Большинство деревянных построек сгорело. Каменный собор и келейный корпус разобрали. В 1923 и 1974 годах в одном из зданий бывшего монастыря размещался Центральный государственный архив Якутской АССР, затем его снесли. Сохранились только бывшие архиерейские покои, ставшие зданием Якутского государственного музея.

В августе 2011 года епископ Якутский и Ленский Роман Лукин объявил о восстановлении монастыря. 19 августа на историческом месте заложили Спасский храм. На территорию доставили храм-вагон, вокруг которого собралась община верующих. Монастырю предстоит стать миссионерским центром.

Были приобретены строительные материалы, а 19 апреля 2012 года освятили первую сваю. После завершения строительства храма планируется восстановление братского корпуса.

Церкви вернули лишь часть территории монастыря, остальная занята музеем.

2 октября 2013 года Священный Синод Русской православной церкви официально учредил монастырь, назначив иеромонаха Никона Бачманова игуменом.

6 октября 2013 года епископ Роман Лукин возвёл иеромонаха Никона Бачманова в сан игумена.