Das Kloster wurde 1640 unter dem Jakutischen Fort von dem Abt Nafanail aus Wologda mit Mitteln, die von Zar Michael Fjodorowitsch gespendet wurden, gegründet. Die erste Kirche des Klosters wurde zu Ehren des heiligen Michael Malein geweiht.

Aufgrund der häufigen Verlagerungen des Forts war der Standort des Klosters instabil. 1663 beschlossen die Dienstleute des Jakutischen Forts, ein Kloster im Namen des Erlösers zu gründen, und ernannten Ivan Afanasjewitsch Owtschnikow zum Priester und Baumeister des Klosters. In den Jahren 1663 und 1665 erhielt das Kloster Spenden von Zar Alexei Michailowitsch, mit denen die Spasski-Kirche erbaut wurde.

Die kleine Bruderschaft des Spasski-Klosters widmete sich neben der Durchführung von Gottesdiensten der Verbreitung der Grundlagen des orthodoxen Glaubens und der Alphabetisierung unter den Einheimischen.

1735 organisierte der Archimandrit Nafanail auf Anweisung des Bischofs von Irkutsk, Innokentij Nerunovich, die erste Schule in Jakutien zur Ausbildung einheimischer Kinder, die jedoch 1747 geschlossen wurde.

Im Jahr 1764 wurde das Kloster im Zuge der Reformen von Katharina II. aus der synodalen Verwaltung entlassen und nur durch Spenden finanziert. 1766 und 1769 musste die Klosterwirtschaft aufgelöst und das Vieh verkauft werden.

Im Jahr 1800 wurde auf Anweisung von Kaiser Paul I. eine Schule am Kloster eröffnet, die 1818 zur Jakutischen Geistlichen Akademie zur Ausbildung von Kirchenpersonal wurde.

Ab dem 19. Jahrhundert erhielt das Kloster erneut staatliche Unterstützung und Land; es wurde zunächst der 3. und dann der 2. Klasse zugeordnet. Der Bau der steinernen Spasski-Kirche begann. 1820 wurde die alte Nikolauskirche vom Stadtmarkt auf das Klostergelände verlegt.

In den Jahren 1853 und 1860 war der erste Bischof mit Sitz in Jakutsk, der Heilige Innokentij Weniaminow, im Kloster, der auch der Abt war. Unter ihm begann der Bau: 1859 wurde das Bischofshaus mit einer Kreuzkirche erbaut. 1866 wurde ein neuer steinerner Tempel zu Ehren des Nicht-Händedrucks des Erlösers geweiht. Das Kloster lag am einsamen Stadtrand.

Im Jahr 1870, mit der Gründung des Jakutischen Bistums, unterstand das Kloster dem Bischof des Bistums, und dem Abt wurde der Titel eines Abtes und das Amt eines Igumen verliehen.

1884 wurde am Kloster eine Missionsschule und ein theologisches Seminar eröffnet, und 1888 eine weibliche diözesane Schule.

Im April 1904 wurde das Kloster mit dem Bischofshaus vereinigt. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts gab es im Kloster 4 Bewohner, und es gehörten 8.020 Desjatinen Land dazu. Fast alle Besitztümer wurden vermietet.

Im März 1919 schloss das Jakutische Revolutionäre Komitee alle geistlichen Einrichtungen. 1920 wurden auf Befehl der Weißen Garde dem Kloster Eigentum und Lebensmittel entzogen, sodass den Mönchen nur das Minimum zum Überleben blieb. Nach der Wiederherstellung der sowjetischen Macht baten die Mönche um Hilfe, erhielten jedoch eine Ablehnung.

Bis 1921 hörte das Kloster auf, als wirtschaftlicher Akteur zu existieren. Das Revolutionäre Komitee fand auf seinem Gelände nur 30 Fässer Zement. Das Kloster wurde nationalisiert, und die Gebäude wurden dem Heimatmuseum übergeben.

Die meisten Holzgebäude brannten ab. Die steinerne Kathedrale und der Zellenbau wurden abgerissen. In den Jahren 1923 und 1974 befand sich in einem der Gebäude des ehemaligen Klosters das Zentrale Staatsarchiv der Jakutischen ASSR, das später abgerissen wurde. Nur die ehemaligen Bischofsräume blieben erhalten, die zum Gebäude des Jakutischen Staatlichen Museums wurden.

Im August 2011 kündigte der Bischof von Jakutien und Leninsk, Roman Lukin, die Wiederherstellung des Klosters an. Am 19. August wurde an historischer Stelle die Spasski-Kirche gelegt. Ein Kirchenwagen wurde auf das Gelände gebracht, um den sich die Gemeinschaft der Gläubigen versammelte. Das Kloster soll ein Missionszentrum werden.

Baumaterialien wurden erworben, und am 19. April 2012 wurde die erste Pfahl geweiht. Nach Abschluss des Baus der Kirche ist die Wiederherstellung des Bruderschaftsgebäudes geplant.

Die Kirche erhielt nur einen Teil des Klostergeländes, der Rest wird vom Museum eingenommen.

Am 2. Oktober 2013 gründete der Heilige Synod der Russisch-Orthodoxen Kirche offiziell das Kloster und ernannte den Hieromönch Nikon Bachmanow zum Abt.

Am 6. Oktober 2013 wurde Hieromönch Nikon Bachmanow von Bischof Roman Lukin zum Abt erhoben.