Le monastère a été fondé en 1640 près de l'ostrog de Yakoutsk par l'igoumène Nafanaïl de Vologda avec des fonds donnés par le tsar Michel Fiodorovitch. La première église du monastère a été consacrée en l'honneur du saint Michel Maleine.

En raison des fréquents déplacements de l'ostrog, l'emplacement du monastère était instable. En 1663, les hommes de service de l'ostrog de Yakoutsk décidèrent de fonder un monastère au nom du Sauveur et nommèrent Ivan Afanassievitch Ovchinnikov prêtre et constructeur du monastère. En 1663 et 1665, le monastère reçut des dons du tsar Alexis Mikhaïlovitch, avec lesquels l'église de Spasskaya fut construite.

La petite communauté du monastère de Spassky, en plus de célébrer des offices, s'occupait de la diffusion des bases de la foi orthodoxe et de l'alphabétisation parmi les habitants locaux.

En 1735, l'archimandrite Nafanaïl, sur ordre de l'évêque d'Irkoutsk Innocent Nerunovitch, organisa la première école en Yakoutie pour l'éducation des enfants locaux, mais elle fut fermée en 1747.

En 1764, dans le cadre des réformes de Catherine II, le monastère fut retiré de la juridiction synodale et ne fut maintenu que par des dons. En 1766 et 1769, il fallut liquider l'économie monastique et vendre le bétail.

En 1800, par ordre de l'empereur Paul Ier, une école fut ouverte près du monastère, qui devint en 1818 le séminaire spirituel de Yakoutsk pour former des cadres ecclésiastiques.

À partir du XIXe siècle, le monastère reçut à nouveau un soutien gouvernemental et des terres ; il fut d'abord classé dans la 3e puis dans la 2e catégorie. La construction de l'église de pierre de Spasskaya commença. En 1820, l'ancienne église de Nicolas fut transférée sur le territoire du monastère depuis le marché de la ville.

En 1853 et 1860, le monastère accueillit le premier archevêque avec résidence à Yakoutsk, le saint Innocent Veniaminov, qui en était le supérieur. Sous sa direction, la construction se développa : en 1859, la maison archiépiscopale avec une église en croix fut construite. En 1866, un nouveau temple en pierre fut consacré en l'honneur de l'Image Non-Faite du Sauveur. Le monastère était situé à la périphérie déserte de la ville.

En 1870, avec la création de l'évêché de Yakoutsk, le monastère passa sous la juridiction de l'archevêque diocésain, et au supérieur fut attribué le titre de vicaire et le rang d'igoumène.

En 1884, une école missionnaire et un séminaire spirituel furent ouverts près du monastère, et en 1888, une école diocésaine pour femmes.

En avril 1904, le monastère fut fusionné avec la maison archiépiscopale. Au début du XXe siècle, il y avait 4 moines dans le monastère, qui possédait 8 020 dessiatines de terre. Presque toutes les propriétés étaient louées.

En mars 1919, le comité révolutionnaire de Yakoutsk ferma tous les établissements spirituels. En 1920, sur ordre des blancs, les biens et les produits du monastère furent confisqués, laissant aux moines un minimum pour survivre. Après le rétablissement du pouvoir soviétique, les moines demandèrent de l'aide, mais reçurent un refus.

En 1921, le monastère cessa d'exister en tant que sujet économique. Le comité révolutionnaire ne trouva sur son territoire que 30 barils de ciment. Le monastère fut nationalisé et les bâtiments furent transférés au musée régional.

La plupart des constructions en bois brûlèrent. La cathédrale en pierre et le corps des cellules furent démolis. En 1923 et 1974, l'un des bâtiments de l'ancien monastère abrita l'archive d'État centrale de la République autonome de Yakoutie, puis il fut démoli. Seules les anciennes chambres archiépiscopales subsistent, devenues le bâtiment du musée d'État de Yakoutsk.

En août 2011, l'évêque de Yakoutsk et de Leninsk, Roman Loukine, annonça la restauration du monastère. Le 19 août, sur le site historique, la construction de l'église de Spassky fut lancée. Un temple-wagon fut amené sur le territoire, autour duquel une communauté de croyants se rassembla. Le monastère doit devenir un centre missionnaire.

Des matériaux de construction furent acquis, et le 19 avril 2012, la première pieu fut consacrée. Après l'achèvement de la construction de l'église, la restauration du corps des frères est prévue.

L'église n'a récupéré qu'une partie du territoire du monastère, le reste étant occupé par le musée.

Le 2 octobre 2013, le Saint-Synode de l'Église orthodoxe russe a officiellement établi le monastère, nommant le hiéromoine Nikon Batchmanov igoumène.

Le 6 octobre 2013, l'évêque Roman Loukine éleva le hiéromoine Nikon Batchmanov au rang d'igoumène.