El monasterio fue fundado en 1640 en el fuerte de Yakutsk por el igumen Nafanaíl de Vologda con fondos donados por el zar Mijaíl Fiódorovich. La primera iglesia del monasterio fue consagrada en honor al venerable Mijaíl Maleín.

Debido a los frecuentes movimientos del fuerte, la ubicación del monasterio era inestable. En 1663, los sirvientes del fuerte de Yakutsk decidieron fundar un monasterio en nombre del Salvador y nombraron a Iván Afanásievich Ovchínnikov como sacerdote y constructor del monasterio. En 1663 y 1665, el monasterio recibió donaciones del zar Alexéi Mijáilovich, con las que se construyó la iglesia de Spas.

La pequeña comunidad del monasterio de Spas, además de realizar servicios, se dedicaba a la difusión de los fundamentos de la fe ortodoxa y la alfabetización entre los habitantes locales.

En 1735, el archimandrita Nafanaíl, por orden del obispo de Irkutsk, Inocencio Nerunovich, organizó la primera escuela en Yakutia para la educación de los niños locales, pero se cerró en 1747.

En 1764, durante las reformas de Catalina II, el monasterio fue retirado de la administración sinodal y se mantuvo solo con donaciones. En 1766 y 1769, fue necesario liquidar la economía del monasterio y vender el ganado.

En 1800, por orden del emperador Pablo I, se abrió una escuela en el monasterio, que en 1818 se convirtió en el seminario espiritual de Yakutsk para la formación de personal eclesiástico.

Desde el siglo XIX, el monasterio volvió a recibir apoyo estatal y tierras; fue clasificado primero como de 3er, luego como de 2do clase. Comenzó la construcción de la iglesia de piedra de Spas. En 1820, se trasladó la antigua iglesia de Nicolás desde el mercado de la ciudad al territorio del monasterio.

En 1853 y 1860, el monasterio albergó al primer arzobispo con residencia en Yakutsk, el santo Inocencio Veniaminov, quien fue el superior. Bajo su dirección, se inició la construcción: en 1859 se construyó la casa del arzobispo con una iglesia de cruz. En 1866 se consagró un nuevo templo de piedra en honor de la Imagen No Hecha por Manos del Salvador. El monasterio se encontraba en un área desierta en las afueras de la ciudad.

En 1870, con la formación de la diócesis de Yakutsk, el monasterio pasó a estar bajo la autoridad del arzobispo diocesano, y al superior se le otorgó el título de vicario y el rango de igumen.

En 1884, se abrió una escuela misionera y un seminario espiritual en el monasterio, y en 1888, una escuela diocesana para mujeres.

En abril de 1904, el monasterio se unió a la casa arzobispal. A principios del siglo XX, había 4 residentes en el monasterio, que poseía 8,020 desiatinas de tierra. Casi todas las propiedades se alquilaban.

En marzo de 1919, el comité revolucionario de Yakutsk cerró todas las instituciones espirituales. En 1920, por orden de los blancos, se confiscó la propiedad y los productos del monasterio, dejando a los monjes lo mínimo para sobrevivir. Después de la restauración del poder soviético, los monjes pidieron ayuda, pero recibieron una negativa.

Para 1921, el monasterio dejó de existir como entidad económica. El comité revolucionario descubrió en su territorio solo 30 barriles de cemento. El monasterio fue nacionalizado y los edificios fueron entregados al Museo de Historia Local.

La mayoría de las construcciones de madera se quemaron. La catedral de piedra y el cuerpo de celdas fueron desmantelados. En 1923 y 1974, uno de los edificios del antiguo monasterio albergó el Archivo Estatal Central de la República Autónoma de Yakutia, que luego fue demolido. Solo se conservaron las antiguas habitaciones arzobispales, que se convirtieron en el edificio del Museo Estatal de Yakutsk.

En agosto de 2011, el obispo de Yakutsk y Leninsk, Román Lukin, anunció la restauración del monasterio. El 19 de agosto se colocó la primera piedra de la iglesia de Spas en el lugar histórico. Se trajo una iglesia en un vagón al territorio, alrededor de la cual se reunió la comunidad de creyentes. El monasterio debe convertirse en un centro misionero.

Se adquirieron materiales de construcción, y el 19 de abril de 2012 se consagró la primera pila. Después de completar la construcción de la iglesia, se planea restaurar el cuerpo de hermanos.

A la iglesia se le devolvió solo una parte del territorio del monasterio, el resto está ocupado por el museo.

El 2 de octubre de 2013, el Santo Sínodo de la Iglesia Ortodoxa Rusa estableció oficialmente el monasterio, nombrando al ieromonje Nikón Bachmanov como igumen.

El 6 de octubre de 2013, el obispo Román Lukin elevó al ieromonje Nikón Bachmanov al rango de igumen.