Вознесенский мужской монастырь был основан монахами во главе со старцем Герасимом, прибывшими в Сибирь вместе с основателями Иркутского острога. В 1669 году они отделились от казаков и выбрали холм на левом берегу Ангары для строительства. Монастырь был заложен 12 декабря 1672 года с благословения царя Алексея Михайловича Романова. На этом месте появились две монастырские кельи и деревянная церковь Вознесения Господня, одна из первых православных построек Восточной Сибири. В 1678 году, после пожара, монастырь был восстановлен, и была построена церковь Тихвинской иконы Божией Матери, освящённая в 1692 году. Эта церковь приобрела чудотворный статус, так как оставалась невредимой после нескольких пожаров, и в 1731 году в ней был погребён иркутский епископ Иннокентий Кульчицкий. Однако в 1930-х годах её разобрали на дрова при строительстве мясокомбината.

Особое значение в истории монастыря имел святитель Иннокентий. Он окончил духовную академию в Киеве и по приказу Петра Первого был отправлен в Пекин с духовной миссией, но не был допущен в Китай. Прожив в Бурятии около трёх лет, 15 января 1727 года он стал епископом Иркутским и Нерчинским, и тогда же была основана Иркутская епархия. При нём в Иркутске было построено 37 церквей, а на территории монастыря открылась первая школа в 1725 году, где детей обучали грамоте и языкам. Однако на её месте теперь стоит деревянный дом. Среди сохранившихся построек монастыря числится небольшое жёлтое здание бывших настоятельских келий, где позже также была школа для детей духовенства.

Кульчицкий управлял епархией чуть более четырёх лет и умер в 1731 году. В 1804 году его причислили к лику святых из-за нетленности мощей, к которым приезжали паломники со всей страны, включая членов царской семьи. Они останавливались в монастырской гостинице, здание которой сохранилось до сих пор. В 1930-е годы монастырь был разрушен, но службы прекратились ещё в 1925 году. В 1921 году мощи святителя Иннокентия были вывезены в неизвестном направлении и найдены лишь в 1990 году в Ярославле. В 1992 году начались раскопки монастыря.

Среди сохранившихся построек монастыря остались два братских корпуса, школа, библиотека, баня и ризница, которые использовались как жилые дома. Каменные двухэтажные кельи, расположенные за остановкой "Мелькомбинат", также сохранились. В ленинградском архиве была найдена калька с их изображением. За пустырём сохранилась церковь Успения Пресвятой Богородицы с трапезной, которая уцелела благодаря использованию под клуб. Во время раскопок была найдена часть монастырской стены, а также могила старца Герасима, накрытая чугунной плитой.

Существующие постройки монастыря изменились со временем. Окна ризницы сохранились в разном состоянии, а церковь Смоленской иконы Божьей Матери была разрушена при строительстве мелькомбината. К концу XIX века монастырь был центром притяжения, на его территории находились школы, храмы, библиотеки и усыпальницы известных иркутских благотворителей. Однако теперь от них ничего не осталось, и на месте монастыря виднеются вышки советских фабрик.