Никоновская бухта на Ладоге считается одной из лучших пристаней и получила свое название в честь иеросхимонаха Никона, жившего в конце XVIII века. Осенью здесь в деревянном доме обитали рыбаки. На горе в Никоново с давних времен стояла часовня Святого апостола Андрея Первозванного, которая была восстановлена в 1846 году.

В 1896 году паломник и благотворитель И.М. Сибиряков предложил игумену Гавриилу уступить это место для создания скита и пожертвовал 10 тысяч рублей. Хотя он планировал остаться на Валааме, афонские монахи убедили его отправиться на Святую гору, где он вскоре скончался схимонахом в Андреевском скиту. Строительство скита на Валааме задержалось из-за необходимости возведения каменных храмов в Сергиевском и Германовском скитах. В 1901 году началась расчистка места для будущего храма. Чертежи архитектора Н.И. Баранкеева были одобрены епархиальным начальством, а Финляндский сенат удовлетворил ходатайство о строительстве. Храм строили на гранитной плите, и с большим трудом, используя взрывы и кувалды, углубили место для будущей пещерной церкви, заложили фундамент и летом 1902 года начали возводить стены. Через год храм был готов вчерне, а к 1905 году завершили внутреннюю отделку. 30 июля 1906 года церковь освятил архиепископ Финляндский и Выборгский, будущий Патриарх Сергий. Пещерный храм во имя Святого Андрея Первозванного освятил 29 октября 1906 года игумен Пафнутий.

Двухэтажный храм из валаамского кирпича на цоколе из серого гранита имеет строгий облик. Стены украшены плоскими выступами и пилястрами, окна с полукруглыми завершениями имеют "древнерусские" висячие гирьки. Другие элементы древнерусского зодчества включают убранство трехмаршевой лестницы с 50 ступенями и гранитными колоннами, в арке, соединяющей их, также висячая гирька, позолоченные луковичные главки на восьмигранных барабанах, на церкви и колокольне, увенчанные восьмиконечными крестами. Звон 8 колоколов, пожертвованных московскими благотворителями, был слышен на много верст. Церковь на вершине холма была хорошо видна для прибывающих к Валааму с запада судов.

В строительстве скита участвовали четыре игумена: Гавриил, Виталий, Пафнутий и Маврикий. Игумен Маврикий, будучи еще мирянином, совершил паломничество на Святую землю и решил создать подобие храма при Гробе Господнем в Валаамском монастыре. Украшенные резьбой двери под крыльцом ведут в нижний храм, над ними была икона Воскресения Христова, освященная в Иерусалиме при Гробе Господнем. Мимо небольшого иконостаса из белого итальянского мрамора проход вел в Кувуклию, подобие пещеры Гроба Господня. За первой дверью находился "придел Ангела". В центре, под иконой Воскресения Христова, располагался кубический камень из красного гранита, в верхней части которого была частица подлинного камня. Низкий и узкий проход вел в пещеру Святого Гроба. Справа находилось мраморное подобие Святого Гроба, на нем плащаница и частица камня из Иерусалима в серебряной оправе. Пещеру освещали 7 лампад, а свет в нижнюю церковь проникал через 6 маленьких окон.

В верхнем храме все напоминало о Светлом Христовом Воскресении: изобилие света из 10 высоких окон, двухярусное паникадило на 23 свечи, резной, позолоченный по белому иконостас. Иконы были написаны валаамскими иноками, одна из них еще при игумене Назарии. Лишь образ Божией Матери Иерусалимской был подарен московскими гражданами в благодарность за устройство подворья. Внутреннее убранство храмов ныне полностью уничтожено, верхняя церковь используется как концертный зал.

С созданием скита в нем поселились первые 6 иноков. Сначала они жили под горой, затем построили деревянный дом рядом с церковью. С увеличением числа паломников было решено у Гроба Господня неусыпно читать Псалтирь. Иноки, сменяя друг друга, никогда не прекращали чтение. К 1910 году число братии возросло до 30, и у восточной стены ограды возвели одноэтажные келейный и хозяйственный корпуса с мансардами. Самый большой, двухэтажный корпус на гранитном цоколе с мансардами из кирпича местного производства, находится к северу от церкви. На первом этаже с востока была трапезная для скитской братии, с запада, а также на втором этаже и в мансардах, располагались иноческие кельи. Три корпуса построил выдающийся петербургский зодчий, епархиальный архитектор Н.Н. Никонов. В 1920-е годы в Воскресенском скиту была основана школа для мальчиков.