Важеозерская обитель была основана учениками преподобного Александра Свирского, преподобными Геннадием и Никифором. Старец Геннадий первым поселился на берегу озера Важе около 1500 года в небольшой пещере. Его пищей были травы, а ложем, земля. За свои подвиги он получил великие Дары Божии, чудеса и исцеления еще при жизни. Преподобный Геннадий скончался около 1516 года, не успев основать монастырь, но освятив это место своими подвигами и подготовив его для прихода другого ученика святого Александра Свирского, преподобного Никифора.

В 1520 году преподобный Никифор вместе с насельниками Свирского монастыря построил на берегу Важеозера деревянную Преображенскую церковь и несколько келий, создав таким образом Важеозерский Спасо-Преображенский монастырь. Преподобный Никифор стал его первым игуменом и оставался им до своей кончины 9 февраля 1557 года.

По жалованной грамоте царя Иоанна Васильевича Грозного монастырь получил земли «на все четыре стороны по версте, опричь мхов и болот и глыб». Монахи должны были сами обрабатывать землю, не нанимая рабочих и не владея деревнями и крестьянами.

После смерти преподобного Никифора настоятелем стал игумен Дорофей, который поставил часовню над могилами основателей. В начале XVII века, в период смутного времени, монастырь был разграблен шведами, которые уничтожили имущество и убили часть братии, включая игумена Дорофея. Могилы мучеников стали местом паломничества, но обитель долгое время не могла восстановиться.

В 1640 году настоятелем стал игумен Антоний, который пожертвовал монастырю ценное Евангелие и построил келью. Однако состояние обители оставалось бедным. В 1680 году строителем стал старец Савватий, и к этому времени имущество монастыря значительно улучшилось, а число иноков и рабочих увеличилось до 22 человек.

В 1701, 1764 годах правительство Российской империи проводило секуляризацию церковного имущества, и Никифоровская пустынь была приписана к Сяндемской пустыне, а затем закрыта и обращена в приходскую церковь. В 1800 году обитель снова была приписана к Александро-Свирскому монастырю.

В 1846 году пустынь вновь получила самостоятельность благодаря усилиям старца Исаии. Однако в 1885 году монастырь пострадал от пожара, уничтожившего все строения, кроме нескольких. Восстановление началось благодаря усилиям настоятеля о. Вениамина и поддержке св. прав. Иоанна Кронштадтского.

После революции 1917 года монастырская жизнь прервалась, и на его землях была организована монашеская коммуна, а затем совхоз и детская колония. В 1922, 1923 годах иноки были расстреляны, а монастырь разрушен. Возрождение обители началось в 1991 году, когда ей был возвращен юридический статус. Монастырь был возрожден как женский, а затем преобразован в мужской. В 2000 году в монастырь были перенесены мощи блаженного инока Владимира и частицы мощей святого князя Александра Невского.